如紅磡站未能如期啟用，時任運輸及房屋局局長陳帆指出港鐵會研究局部通車可行性，即馬鞍山綫或許會先延伸服務至啟德站，直至新建紅磡站月台的問題獲妥善處理為止。 屯門-南昌全日通 對於此傳言，時任港鐵主席馬時亨說屯馬綫仍然希望在2019年整條開通為目標，以減少局部通車造成的訊號、車務和營運技術問題。 除「屯門－南昌」及「上水／烏溪沙－尖東」全月通加強版外，其他全月通、迪士尼綫月票及羅湖或落馬洲特價證不能同時加註在在同一張八達通內。
由輕鐵轉乘屯馬綫的乘客，請於轉乘屯馬綫前於出站收費器上確認，否則會扣除輕鐵最高車資及不可賺取輕鐵個人八達通積分，而轉乘優惠亦會自動失效；如乘搭輕鐵後在屯馬綫原站出入，當中的差額不會退回。 輕鐵免費轉乘優惠：必須於指定屯馬綫車站出閘後30分鐘內再於指定輕鐵站入站收費器確認，或於指定輕鐵站出站收費器確認後30分鐘內再於指定屯馬綫沿途各站入閘。 香港西九龍站及香港紅磡站屬邊境禁區車站，受《香港鐵路附例》第8A部〈過境限制區〉規管，持有效證件方可進入有關車站的收費區。 屯馬綫1及2號月台為自尖東站2004年10月24日啟用的原九廣東鐵1及2號月台，因九龍南綫於2009年8月16日通車而改變了尖東站的列車服務。 在6月27日正式通車首日，數百名鐵路迷及九龍城區居民於清晨5時前已經在宋皇臺站等候，港鐵主席歐陽伯權、行政總裁金澤培等人主持剪綵儀式後，大批鐵路迷歡呼起鬨衝至列車月台，此外，記者亦發現有不少來自新界西和馬鞍山的居民亦特意乘屯馬綫前往宋皇臺站參觀。 6月20日起，西鐵綫及屯馬綫一期合併運作，為通車前的過渡作最後準備，紅磡站屯馬綫月台率先啟用。
屯門-南昌全日通: 屯門南延綫
2007年12月2日，為配合兩鐵合併，「西鐵自悠通」由港鐵的「西鐵綫全日通」取代，而售價、發售地點及使用範圍維持不變。 2007年1月1日起，「西鐵自悠通」取消了免費搭乘新巴701及702線及專線小巴81K及95K線的優惠（原有八達通卡或西鐵全月通免費轉乘仍然繼續）。 2005年2月1日，「西鐵節日通」新增免費轉乘專線小巴81K線（使用八達通卡免費轉乘亦於當日起實施）。 2004年8月22日，「西鐵學生全日通」新增免費轉乘新巴701及702線（使用八達通卡免費轉乘亦於當日起實施）。 2003年8月1日，九廣鐵路宣佈於同年12月20日通車的西鐵全線票價九折及首年往返市區及新界車程額外九折。
不過，是次延長期並沒有和以前一樣，延長推廣期時更改登車證設計，仍然使用上圖的款式。 雖然此階段的優惠期至2007年12月31日完結，但兩鐵合併方案在地鐵公司2007年10月召開的股東特別大會以82%票數通過，並在2007年12月2日合併成為港鐵公司，因此，西鐵「自悠通」推廣期實際上至2007年12月1日完結。 2012年7月1日，「屯門－南昌全日通」調整售價，由HK$22調整至HK$23。
屯門-南昌全日通: 屯門-南昌全日通(2009至8月16日至今)
港鐵於2008年3月至4月期間在尖東站至紅磡站改裝西鐵綫信號來試行列車，2008年11月開始在南昌站至紅磡站試行列車，2009年4月下旬開始安排列車在休車時間行駛西鐵綫全綫，測試鐵路安全和穩定性。 屯門-南昌全日通 2009年8月16日，九龍南綫正式通車，紅磡站亦於同日起成為東鐵綫及西鐵綫的總站，接駁巴士K16線的轉乘優惠亦於當天起取消。 屯門-南昌全日通 雖然屯馬綫能為乘客提供更多轉綫選擇（例如轉乘東鐵綫由以往只能在大圍轉乘，變成可於該站或紅磡轉乘），部份車程可透過轉綫次數較少的方式往返，但並不代表所需時間因而減少。
- 此外，屯馬綫全綫通車後，港鐵公司更將各節車卡的人流資訊實時顯示於本綫沿途各站的月台顯示屏，為整個港鐵系統首次引入。
- 6月24日：由當日起購買或續購「西鐵全月通」改用八達通來儲存月票資料，首次使用月份為同年7月。
- 2017年9月13日，韓國三星電子在Galaxy Note 8香港發佈會上宣佈Samsung Pay將支援八達通功能。
- 10月31日：因應九龍巴士267S線停止服務，因此「屯門－南昌全月通加強版」及「屯門－紅磡全月通加強版」的指定九巴晨早路線由4條修訂至3條。
- 8月16日：九龍南綫通車，「西鐵綫全月通」更名為「屯門－南昌全月通」，售價、發售地點及使用範圍維持不變，但港鐵接駁巴士K16綫的免費轉乘優惠取消，並於八月尾推出適用於來往西鐵綫全綫的「屯門－紅磡全月通」。
- 為協助屯馬綫的乘客更便捷地使用鐵路服務，港鐵公司於在大圍站3號月台通道入口增設乘客資訊顯示屏，讓乘客得悉屯馬綫未來四班往屯門方向列車的抵站時間；此外，港鐵公司亦於美孚站轉車通道增設乘客資訊顯示屏，讓乘客得悉屯馬綫及荃灣綫各方向未來兩班列車的抵站時間。
- 現時西鐵綫，從與東鐵綫交匯的紅磡站起，途經油尖旺區、深水埗區、新界西葵青區（美孚站至荃灣西站所途經的青荃隧道及下葵涌隧道）、荃灣區及大欖隧道前往同為新界西的元朗區及屯門區，全長35.7公里，共有12個車站，當中有8個轉車站，連同九龍南綫，總造價為547億元。
尖東站（East Tsim Sha Tsui Station）是港鐵西鐵綫的一個中途站，位於香港九龍油尖旺區尖沙咀中間道兒童遊樂場地底，鄰近尖沙咀東部，2004年10月24日啟用，由金門建築及西松建設聯營公司負責興建。 尖東站設有行人隧道系統連接周邊地區及尖沙咀站，供乘客轉乘荃灣綫；但由於該系統為非收費區，乘客不能以一張單程車票在此站轉乘；若以八達通轉乘需要先出閘、後入閘。 位於半島中心的港鐵特惠站於2008年12月起，為使用成人八達通卡的乘客提供港幣2元車費回贈（初時只適用於尖沙咀站）。.
屯門-南昌全日通: 港鐵早前宣布於2019年1月起將會調整票價，當中包括「都會票」、5款「全月通加強版」全部加價，加幅為$10至$15，而「屯門-南昌全日通」亦會加價。另外，「程程3%車費扣減」優惠在明年1月1日結束。故此，市民在明年起搭港鐵的車資會增加！
油麻地小輪原持有的股份於2001年轉由新世界第一巴士服務有限公司（新巴）和新世界第一渡輪服務有限公司（新渡輪）持有。 屯門-南昌全日通 2007年12月兩鐵合併，香港鐵路有限公司（即合併前的地鐵有限公司）和九廣鐵路公司持有的股份都維持不變。 民主黨九龍城區議員黎廣偉批評運輸署在港鐵宣佈屯馬綫通車日期後，才對外公佈區內巴士路綫重組，削減部分巴士班次甚至取消路綫而改為加強收費較貴但未必更吸引的巴士路綫。
西鐵「節日通」於2004年12月20日推出，售價為港幣20元，適用於購票當天無限次乘搭西鐵（現時為屯馬綫（往來屯門至南昌站））、輕鐵、各新界西北的九鐵巴士、港鐵接駁巴士ⓦ、K16線、以及於推廣期間內推出的其他免費接駁服務。 屯門-南昌全日通 於2005年9月1日起改為長期推廣，並於當日起改名為西鐵「自悠通」，於各西鐵站票務處發售。 為了吸引乘客交回已使用的磁帶車票，凡交回任何已逾期的10張「自悠通」或「節日通」車票，可免費換取即日有效的「自悠通」連登車證各一張。 「自悠通」曾經有免費乘搭專線小巴81K線的優惠，於2005年2月1日生效，但已於2007年1月1日起取消。 另外曾經有新巴701線、702線及專線小巴95K線之轉乘優惠亦於同日取消。 此外，政府亦同時引入措施，分別限制九巴在專營範圍內的上落客，及批准九鐵公司營運可收費的接駁巴士（即現時的港鐵巴士），於區內接載乘客前往輕鐵車站，用以取代九巴及專線小巴的原有路線，從而在財政上支持輕便鐵路的營運。
屯門-南昌全日通: 列車班次
由於八達通是香港的特色之一，故吸引了大量遊客購買以作留念。 但亦有不少遊客會在離開香港前退還八達通卡，為應付遊客短期內退還的龐大行政費用，八達通公司會向購買卡後3個月內退還不記名租用版卡片的使用者收取HK$11手續費，八達通公司亦曾經只收取HK$7及HK$9作為手續費。 除了可以使用設於港鐵車站內的「八達通查閱機」查詢餘額及最近10次交易紀錄外，「八達通」手機程式可讓用戶在備有「近場通訊」功能的手機上顯示餘額、查閱過去3個月的記錄、八達通日日賞等。 此外，用戶亦可以購買「八達通PC閱卡機」，透過互聯網，於電腦上查詢。
1997年7月1日，香港移交中华人民共和國，並成立香港特別行政區，實行港人治港、高度自治，僅有國防、外交事务由中央政府直接管轄。 香港開埠前，未計九龍和新界，香港島已經是一個有數千人口的小島。 英國人看中維多利亞港是一個水深港闊、四季不結冰，而且不在地震帶的天然良港。 1842年，大清國在鴉片戰爭中戰敗後，分階段割讓和租借香港土地予英國，英國人開始統治及發展香港，使香港從一個荒蕪、地瘠山多且天然資源缺乏的小漁村，逐漸發展成一個轉口港，成為歐洲各國商船向中國進行鴉片及其他商品貿易的樞紐，而且不受清朝末年的亂局影響。
屯門-南昌全日通: 九龍
使用方法和售票途經和上文所述的「西鐵學生全日通」一樣，但西鐵「節日通」車票是所有乘客均可使用，購買時無需出示任何證明。 屯門-南昌全日通 由於西鐵綫已於2009年8月16日伸延至紅磡站，原西鐵綫全日通已更改名稱為屯門－南昌全日通，由於同時取消免費轉乘港鐵接駁巴士K16綫，使用範圍變相由尖東站縮短至南昌站。 港鐵特惠站（MTR Fare Saver，前稱地鐵特惠站），是一種提供港鐵車費優惠的電腦終端機。 只要在乘搭港鐵前以成人八達通輕拍該終端機，到指定港鐵車站拍卡入閘，大多完成車程後便可以節省HK$2。
港鐵公司已簽訂了深圳地鐵的自動收費系統的合約，研究如何令八達通可於深圳地鐵使用。 2018年开始，在深圳地铁各站设置的深圳通銀行卡自助增值机除了可以增值深圳通外，也可以增值八达通。 但充值金额是以港币为单位，並以当日人民幣對港幣汇率进行扣款。 由於八達通功能多，與日常生活有密切關係（如乘車、小額購物），使用頻繁，香港的粵語因而開始出現以八達通及其服務衍生的粵語用詞。