2021年2月16日，屯馬綫一期列車由當日起來回烏溪沙站與紅磡站進行營運測試，列車會繼續在烏溪沙站至啟德站之間載客。 往啟德站的列車將於到達啟德站1號月台後清客，然後不載客繼續駛往紅磡站方向，中途途經土瓜灣站，最後在紅磡站新建月台折返往烏溪沙站方向，並於啟德站2號月台起載。 車站大堂設有智能客務中心，並設多個輕觸式屏幕，可供乘客查詢行程及車站資訊。 而大堂內近A、B出口之間的位置設有5間商店；而C出口旁亦設有7-11便利店。 土瓜灣站為一座地底車站，L1層為車站大堂；L2層為1號月台（屯馬綫往屯門）；L3層為機電層；而L4層則為2號月台（屯馬綫往烏溪沙）。 关于前稱土瓜灣站的港鐵沙田至中環綫的車站，请见「宋皇臺站」。
港鐵解釋，預設沉降指標只是用來提醒工程人員，並非安全上限，就每個建築物預設指標是基於大廈狀況、樓齡等而訂立，若達到有關數值，港鐵會加密檢測及調整施工工序，若調整有關指標水平，不得影響到工程安全。 （譚文豪議員提供）廣深港高鐵香港段訂於9月23日正式通車，9月1、2日西九龍站將開放給市民參觀。 早前公民黨立法會議員譚文豪曾揭露高鐵香港段多處路段包括米埔及石崗隧道有滲水情況，西九龍總站更因地下水積聚致出現鐘乳石狀物體。 立法會鐵路事宜小組委員會31日上午召開特別會議討論沙中綫工程沉降問題，下午交通事務委員會也召開特別會議，討論沙中綫紅磡站擴建連續牆及月台層板鋼筋問題。
土瓜湾灣沙中綫沉降土瓜湾灣沙中綫浙江: 政府回應
根據紀錄，部分土瓜灣站附近的建築物及地下管綫曾經達至工程設定指標，工程團隊及承建商根據上述程序，確定相關建築物結構安全，傾斜幅度的監測數據亦符合工程預設的要求，因此工程在安全情況下繼續進行。 至於地下煤氣喉管，港鐵自2014年開始已向煤氣公司提供工程範圍附近地下煤氣管綫的數據，並定期進行會議；至2016年，港鐵公司先後發現有四個喉管位置的沉降幅度達至相關指標，期間一直與煤氣公司商討跟進工作，包括煤氣公司每日派員巡查。 土瓜湾灣沙中綫沉降土瓜湾灣沙中綫浙江 惟經翻查紀錄，發現在2016年底有三個喉管監測位置的監測數據曾達至相關指標，當時未有向煤氣公司通報，而該三個喉管位置屬煤氣公司一直以來每日巡查範圍之內，相關喉管已於2017年年中回復至低於相關指標水平。
不過港鐵及承建商未有按機制停工並繼續工程，而且沒有通報受影響居民。 土瓜湾灣沙中綫沉降土瓜湾灣沙中綫浙江 港鐵更向屋宇署申請放寬至少10幢大廈的沉降容許上限，其中馬頭圍道324號的唐樓放寬比率更高達4成。 而路政署與港鐵在2017年已得悉沉降問題，但並無對外公佈。 港鐵最新提交予立法會鐵路事宜小組的文件顯示，海軍商場於2014年第二季施工前已出現沉降，並出現裂縫。 港鐵於隧道工程展開前進行了預防工作，包括灌漿加固、安裝臨時鋼支架等，強調相關隧道鑽挖工程一直在安全情況下進行，同時保持樓宇安全狀況。
土瓜湾灣沙中綫沉降土瓜湾灣沙中綫浙江: 港鐵本周公布沙中綫數據 田北辰料全線現沉降
傍晚，潘亦到蘋果日報直播交代細節，潘焯鴻批評事件發生後港鐵不討論事件，但又出廣告質疑別人批評片面。 他又指港鐵曾指「中科要脅要錢」，企圖抹黑中科，「將中科在建築界推埋死角」，潘謂港鐵刊登廣告聲明不盡不實，驅使他站出來說清楚。 而下層南北走廊（東鐵綫）月台層板搭建後，連續牆的接駁位在2016年6月拍下的相片顯示多處出現滲水。 港鐵一度否認牆身滲水，到媒體公開滲水的影片及相片後，港鐵才改口承認。
除了沉降問題，有地舖的負責人亦指，舖面牆壁亦現裂紋，曾向港鐵方面反映事件，但對方不置可否，沒有否認亦沒有承認是與他們有關。 立法會財委會分別於2010年7月、2011年2月及6月合共通過撥款約84億元進行沙中線的前期及保護工程。 2012年5月11日，財委會通過撥款約714億元進行沙中線主體工程，其後政府委託港鐵公司，以約708億元進行建造沙中線主要工程、測試及試行運作沙中線。 另外，財委會於2017年6月17日通過沙中線前期鐵路工程約8.5億元追加撥款。 2018年10月8日，發展局公佈向負責的承建商採取規管行動，禮頓建築(亞洲)有限公司被暫停政府工程投標資格，為期15個月。 土力工程處前處長陳健碩在另一場合說，社會誤以為沉降一定危險，惟沉降的指標不是「生死線」，需視乎情況才能確定危險性。
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一般而言，地底就如千層糕，內有不同土層，上面是軟土，下面是石層，土層愈深就愈堅硬。 港鐵建造鐵路前，探土能了解土質分佈及深度，制訂鐵路在地底的位置和施工方法。 早於1970年代港英政府聘請顧問公司研究地下鐵路發展，發表《集體運輸計劃總報告書》，就曾於馬頭圍作地質勘探。 直至2012年沙中線落實施工前，港鐵派員鑽探沿綫範圍的地質，並結合早年的探土報告，決定地底月台和行車走綫的位置。 金培澤指土瓜灣站附近情況，近一年保持平穩，強調自己星期二才接手處理沙中綫，會在與同事翻查所有相關資料後，再向公眾交代。
另外，超標最多的是會展站及西面連接隧道一處路面監測點，沉降幅度為75毫米，超標50毫米。 陳淑莊：今年5月底在事件曝光初期，陳帆單方面相信港鐵，聲稱工程無問題，儼如港鐵發言人，現證實工程實有問題，理應為監管工程不力問責下台。 陳亦對紅磡站的安全成疑，認為即使進行荷載測試亦不足以挽回公眾信心，認為港鐵沙中綫亦全面停工及檢測。 調查委員會將由委任日期起計6個月內或行政長官會同行政會議准予的時間內，向行政長官提交報告。 沙中綫紅磡站獨立調查委員會在10月22日展開聆訊，預計2019年2月28日完成所有作供。 於2019年7月3日，調查委員會獲准延遲提交最後報告的期限至2019年11月29日。
土瓜湾灣沙中綫沉降土瓜湾灣沙中綫浙江: 車站結構牆被剪走鋼筋
林又透露，土瓜灣站試車期間，不少鄰近車站的大廈居民均感到震動，無不擔心通車後「日震夜震」，甚或影響樓宇結構安全，居民雖已向港鐵反映，惟認為對方仍是「待有問題出現才處理」。 土瓜湾灣沙中綫沉降土瓜湾灣沙中綫浙江 據《蘋果》獲得一份在2017年中撰寫的顧問覆核報告，在2015至2017年間的各監測點的數據顯示，土瓜灣地盤在2016年挖掘月台時，附近有多達23幢大廈，以及多條煤氣管沉降幅度超出安全上限，但港鐵及承建商卻沒有停工，亦一直沒有作通報。 港鐵晚上8月9日晚發新聞稿，承認部分土瓜灣站附近建築物及地下管線的沉降幅度達到要跟進的指標。 港鐵指工程人員已根據程序，確定結構安全，所以工程繼續進行，港鐵又承認有三個煤氣喉的監察數據，曾達至相關指標，而未有向煤氣公司報告，不過該三個位置屬煤氣公司日常的巡查範圍，喉管沉降已於2017年年中，回復至低於指標水平。 有港媒引述港鐵沙中綫土瓜灣站內部顧問報告，指多個監測點於2015至2017年間，錄得23幢周邊樓宇的沉降幅度超出上限，旁邊的煤氣管亦錄得沉降超標，其中一個位於油站旁的監測點，錄得最高62.9毫米沉降，超出上限逾三成。
- 調查委員會將由委任日期起計6個月內或行政長官會同行政會議准予的時間內，向行政長官提交報告。
- 林要求港鐵積極與居民商討補償問題，並稱港鐵每程扣減「一元或五毫」的優惠太少，倡為當區居民提供首月免費試搭屯馬綫。
- 6月15日，港鐵舉行閉門傳媒簡報會，向傳煤發佈46頁事件調查報告，指扎鐵分判商泛迅建築稱已按承建商禮頓要求剪短鋼筋。
- 質疑港鐵是否有能力和足夠的前線人員監管整個沙中綫工程及其它大型工程，認為市民對港鐵的監管質素信心瀕臨崩潰。
- 立法會鐵路事宜小組委員會主席田北辰議員昨與港鐵會面後透露，沙中綫除土瓜灣、會展站外，其它站未有發現涉及樓宇超出港鐵最後修訂指標的沉降幅度。
- 報告顯示紅磡站在2015年9至12月有至少8支鋼筋的螺紋部分剪短，但認為不廣泛，只有不超過2%至3%的螺紋鋼筋被剪短，而禮頓亦擅自改東面連續牆頂部圖則，不過接納車站結構是完整下，只有進行適當措施便可。
- 惟經翻查紀錄，發現在2016年底有三個喉管監測位置的監測數據曾達至相關指標，當時未有向煤氣公司通報，而該三個喉管位置屬煤氣公司一直以來每日巡查範圍之內，相關喉管已於2017年年中回復至低於相關指標水平。
港鐵沙中綫土瓜灣站，工程開展至今，周邊樓宇的居民除長年累月飽受工程嘈雜聲滋擾外，亦腹背受敵，坐在梳化及睡在床上時，亦會感到震盪及搖晃。 香港01記者走訪受工程影響的民居，有居民直言已習以為常，曾向屋宇署反映，但署方只推說屋宇結構沒有影響。 近日區內又爆出沉降問題，發現多幢大廈及商舖內隴，外牆均出現明顯的長長裂縫，有居民盼當局能妥善跟進，確保居民的人身安全得到保障。 2018年6月12日，港鐵被揭發於車站連接月台及大堂的扶手電梯與樓梯之間的分隔牆疑未依照圖則進行，結構牆兩層鋼筋的其中一層被剪走，全幅牆身大約高20至30米，但港鐵的監工未有上報。
土瓜湾灣沙中綫沉降土瓜湾灣沙中綫浙江: 港鐵沙中綫工程醜聞連環爆 土瓜灣地盤沉降超標兼漏煤氣
2020年3月27日，政府新聞處發稿表示獨立調查委員會主席夏正民法官已向行政長官提交最後報告，並表示在研究最後報告和徵詢律政司的意見後會以適當方式公佈報告。 到同年5月12日，政府終於公佈港鐵沙中線紅磡站調查委員會的最終報告，長達200多頁。 報告顯示紅磡站在2015年9至12月有至少8支鋼筋的螺紋部分剪短，但認為不廣泛，只有不超過2%至3%的螺紋鋼筋被剪短，而禮頓亦擅自改東面連續牆頂部圖則，不過接納車站結構是完整下，只有進行適當措施便可。 報告有不少篇幅批評政府、港鐵、禮頓在項目管理出現溝通失誤、監督不力、造工差劣，特別是檢測表格制度崩壞。 而政府本身同時為項目的監督者，應該主動參與其中和採取行動，認為政府須負上責任。
而根據調查報告顯示，站內另一條通道的同類牆壁亦有兩個位置，合共約41平方米牆面曾削筋。 港鐵亦證實一名港鐵監督人員對承建商削筋仍知情不報，故亦對其已開始紀律程序。 而港鐵沙中綫土木工程總經理黃智聰表示，已指示承建商鑿開涉事兩幅牆壁總約320平方米牆身，以確保符合圖則。 2017年9月，港鐵於尖東站舉辦招聘會所展示的全港鐵路路線圖上，車站獲標示為土瓜灣站，唯港鐵回覆查詢指出有關資料僅是港鐵用作內部參考用途，未能作實。 然而直至同年11月，政府宣布車站定名為土瓜灣站，讓車站名稱更符合其所在位置及地理環境。 政府測繪處繪製的香港地質地圖顯示，土瓜灣站一帶背靠何文田山，1960年代之前是優質花崗石礦場；東面面向馬頭圍填海區，於1904年至1986年經歷五次填海規劃。
土瓜湾灣沙中綫沉降土瓜湾灣沙中綫浙江: 政府表示，因為不同建築物對工程會有不同反應，再有車站捲入涉嫌「造假」漩渦！立法會議員毛孟靜透露，要視乎建築廢料的份量而定。
調查報告顯示，站內另一條通道的同類牆壁亦有兩個位置，合共41平方米牆面曾削筋。 港鐵亦證實一名港鐵監督人員對承建商削筋知情不報，現已開始紀律程序。 港鐵沙中綫土木工程總經理黃智聰表示，已指示承建商鑿開涉事兩幅牆壁全部320平方米牆身，以確保符合圖則。
- 註冊結構工程師鄧作基表示，樓宇監測點是附設在大廈結構上，一般不容易錄得沉降，但部分監測點錄得50毫米的沉降，數值比較大，有需要勘察及檢視樓宇有否裂痕，但港鐵提供的文件並沒有提及裂痕的問題。
- 2012年5月11日，財委會通過撥款約714億元進行沙中線主體工程，其後政府委託港鐵公司，以約708億元進行建造沙中線主要工程、測試及試行運作沙中線。
- 寶馬大廈旁的地下煤氣管就錄得最高54.2毫米沉降，超出上限29.2毫米，超過1.2倍；七喜大廈外另一條煤氣管也沉降39毫米。
- 引發多達23幢周邊樓宇及地下喉管沉降超出容許上限，有7個位置超標。
劉正光在接受傳媒訪問時透露，顧問團最快下星期開會，擬訂職權範圍，也會到紅磡站實地視察。 他表示可隨機抽樣至少10個位置鑿開石屎，但稱難以評估對工程進度有多大影響。 公民黨立法會議員兼一地兩檢關注組召集人陳淑莊昨晚發新聞稿指，高鐵香港段9月下旬通車，《廣深港高鐵（一地兩檢）條例》提早於9月4日生效，即提早差不多三星期割地，將西九站內部份地方劃為內地口岸區，實施內地法律，失去香港的司法管轄權。 她質疑內地人員是否需要三個星期熟習內地口岸區，條例生效後，法庭命令在內地口岸區不再有任何法律效力，港府此舉是否為了在稍後的「一地兩檢」司法覆核中為當局製造有利條件。 近來連日大雨，譚文豪30日再透露，前日收到消息指高鐵不同的路段出現漏水的情況，最嚴重的是石崗車廠出現雨水倒灌水浸的情況。
土瓜湾灣沙中綫沉降土瓜湾灣沙中綫浙江: 公眾質疑效益並涉及利益輸送
雖然港鐵曾派員檢查，但事後認為符合安全標準，又認為裂痕是樓宇本身老舊所致，並無證據顯示與工程有關，因此拒絕負責。 而當居民從媒體得知港鐵疑與公證行「打龍通」後，他質疑港鐵當日說謊，要求對方正視工程影響及作出賠償。 其中2處需更換成韌性較強的聚乙烯管；1處已是聚乙烯管，因此毋須更換；1處沒有用戶，因此關閉喉管隔離。 在2009年7月沙田至中環綫公眾諮詢大會的投影片，已經提及有地區人士和居民關注車站及出入口遠離九龍城舊區，故他們要求走綫更靠近九龍城舊區。 雖然其後走線改為在馬頭圍道，不過在車站投入服務後，仍然有民建聯區議員認為不少車站出入口遠離土瓜灣道、馬坑涌區一帶等住宅，更認為港鐵應考慮設置特惠站。 港鐵常務總監（車務及中國內地業務）金澤培出席港鐵記者會時強調，安全是首要任務，指沙中綫土瓜灣站的土木工程，大致完成，過去一年的沉降數據平穩，變化較少，惟未能確認2016年時的情況，至於工程對周邊之影響，需待詳細翻查資料後，再作詳細交待。
傍晚港鐵開記者會交代事件，董事局主席馬時亨代表港鐵向公眾道歉，同時宣佈多名管理層人員離職，當中包括工程總監黃唯銘，即時生效，而原定2020年約滿的行政總裁梁國權則提早退休，但留任至繼任人接任為止。 梁國權表示承建商為克服施工困難，私自更改紅磡站月台層版連接方式，認為新方案其實比原本的更好，連外間專家亦同意。 6月6日，港鐵首度公開被剪短鋼筋的照片，並表示5次巡查當中，4次均沒有書面紀錄，均未有向董事局或政府匯報。 土瓜湾灣沙中綫沉降土瓜湾灣沙中綫浙江 港鐵主席馬時亨重申港鐵會嚴肅處理事件，若發現有人違規會送官究辦。
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車站地面出入口原設有玻璃，以讓天然光照射進出入口內，惟由於在2019年反修例運動期間，部分未啟用的車站出入口亦被破壞，港鐵其後以鐵皮遮蓋原玻璃位置，並在鐵皮髹上代表車站的藍色，及印上車站的名稱（當中其中文站名為書法字）。 兩條行車隧道：以鑽挖機在每一段隧道的起點及終點，向下挖洞並放下大型鑽挖機，向着終點水平鑽挖。
土瓜湾灣沙中綫沉降土瓜湾灣沙中綫浙江: 調查委員會提交最後報告
她批評，港鐵的監管制度錯漏百出，接二連三發生事故，應儘快調查事件。 港鐵沙中綫再被揭露有工程問題，議會陣線立法會議員毛孟靜表示，早前收到港鐵沙中綫前線人員投訴，指土瓜灣站車站有一幅結構牆，原來應有兩層鋼筋的牆身，被削走一層。 港鐵回應傳媒查詢時，承認土瓜灣站有牆身的工序沒按已批准的圖則施工。 他指，市民對港鐵信心盡失，要求政府及港鐵如實主動公開所有工程質量資料和沉降危機，同時鑿開沙中綫紅磡站月台有問題位置的部份石屎，抽驗鋼筋實際情況，如果工程質量問題嚴重，必要時需重建月台。 寶馬大廈旁的地下煤氣管就錄得最高54.2毫米沉降，超出上限29.2毫米，超過1.2倍；七喜大廈外另一條煤氣管也沉降39毫米。