於2003年，TraxComm興建並開始營運經加強的網絡，有關網絡與現有的光纖網絡同時運作，令整體網絡速度提升至100千兆（Gbps）。 乘客可透過其流動電話進行電話通訊、上網及使用其他數據服務。 合併前的地鐵公司鐵路範圍內每日約有90萬個電話撥出，每日的總通話時間約為1,900,000分鐘。 2013年8月5日，港鐵全資子公司與天津市地下鐵道集團合組的天津城鐵港鐵建設有限公司以20.75億元人民幣（約26.2億港元）投得天津地鐵6號綫北運河站上蓋地皮發展權，港鐵佔49%股權，項目總建築面積約27.87萬方米。 香港鐵路未來發展規劃宏大，如北環綫、港深西部鐵路、中鐵綫、將軍澳綫南延綫等，而要維持鐵路運作的可靠性和安全性，可預見未來人手需求更為龐大。
在2006年，港鐵以公共交通國際聯會（UITP）制定的政策為基礎，正式採納「地鐵公司氣候轉變政策」；目前更擔任「UITP」可持續發展委員會主席。 港鐵公司與香港的衞生署攜手合作舉辦「多行樓梯、多點健康（页面存档备份，存于互联网档案馆）」活動，推廣行樓梯為健康帶來的好處。 標貼上會顯示站內樓梯的級數，並列有行樓梯的好處，以鼓勵乘客利用樓梯代替扶手電梯或升降機上落。
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龍華綫連接港鐵落馬洲站，將深港兩地的鐵路服務緊密連接起來。 龍華綫一期從福田口岸站至少年宮站，一期長4.6公里，於2004年12月28日通車，二期長16公里，設有10個車站，連接少年宮站至清湖站，於2011年6月16日開通。 三期長10.7公里，設有8個車站，連接清湖站至牛湖站，於2020年10月28日開通。 早於2002年，港鐵公司在上海建立了名為「上海港鐵建設管理有限公司」的合資企業，負責上海鐵路建設的項目管理。
公司表示已經購入虛擬土地興建虛擬車站、鐵路博物館及推動STEM教育，期望通過把握Web3及元宇宙的大趨勢構建一個嶄新平台。 不過網民批評港鐵利用政府的金錢投資去中心化的NFT，是不能接受。 港鐵公司亦提供前往中國大陸（北京、上海和廣東省）的城際客運服務，以及為乘客提供本地接駁巴士服務。 2007年10月9日，地鐵有限公司的獨立股東於股東特別大會上表決贊成與九鐵合併的方案。
港鐵職員: 公司管理每況愈下 鐵路安全無保證 撞車、出軌嚴重事故頻生
港鐵指由鑽石山去黃大仙站的行車時間增加5分鐘，其後才公佈觀塘綫由調景嶺至油麻地行車時間增加15至20分鐘，但實際乘客延誤時間遠超半小時。 港鐵職員 港鐵開業至今多年，系統嚴重老化（以東鐵綫為甚），同時港鐵公司為求利潤最大化，將保養工序外判節省成本，維修檢查質素每下愈況。 無論列車，訊號系統及路軌結構等，都經常出現嚴重問題，最終列車班次出現嚴重延誤，甚至發生持續數個小時的局部癱瘓。
同日，港鐵董事局主席馬時亨代表港鐵向公眾道歉，同時宣布多名管理層人員離職，當中包括工程總監黃唯銘，即時生效，而行政總裁梁國權則提早退休，馬時亨則曾兩度請辭但被留任，以於全球招聘並甄選因沙中綫偷工醜聞而出缺的新管理層人選。 蘋果日報報道指出，港鐵為處理土瓜灣一带居民因楼宇結構索償，所安排的第三方公證行，當每完成調查完成都會先將報告草稿電郵予港鐵高層人員審批，經修改後才發給居民，有律師質疑事件涉及詐騙，有該區區議員考慮報警。 亦有居民表示，港鐵開展挖掘工程後單位經常震動，屋內有牆身和地板出現裂痕。
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此外，港鐵公司簽訂了另一份協議，就瀋陽一、二號綫的沿綫物業發展機會展開規劃和探討。 港鐵公司同時與杭州市政府簽訂策略性協議，探討杭州地鐵沿綫的物業發展機會。 2022年4月21日，港鐵宣布與去中心化遊戲虛擬世界The Sandbox成為合作夥伴，成為全球首個進駐The Sandbox元宇宙的交通營運商。
被捕男子35歲，報稱港鐵員工，警方相信他有權限審查港鐵內所發生案件，懷疑他濫用職權獲得少女電話。 國際公共交通聯合會（英文：International Association of Public Transport），創建於1885年，總部在比利時布魯塞爾，在各大洲具有2200個會員單位分佈在85個國家。 有市民向傳媒提供一張照片，顯示港鐵深水埗站張貼了一張告示，指「站長心情極度欠佳，敬請保持安靜，如沒必要，請勿打擾，多謝合作」。 會展站工程由「禮頓—中建」聯營承建，田北辰說，挖掘工程的程序是先建造兩幅垂直牆身，再向下挖走牆身之間的泥土，同時會在牆身之間加上橫向工字鐵支撐，但在施工期間，港鐵發現橫向支撐物數量不足。 法政匯思召集人、律師文浩正表示，若港鐵私下與公證行溝通並修改報告，會損害居民索償法律權利，港鐵有觸犯詐騙罪之嫌。
港鐵職員: 港鐵疑串通公證行 阻撓居民申索
港鐵公司為配合兩鐵合併，於2007年尾將公司徽號旁邊的「地鐵公司」的中英文字樣則改為「MTR港鐵」，並是沿用至今。 連續四年為持有長者八達通卡人士於長者日提供免費乘坐優惠；並為市民舉辦17個工作生活平衡講座及8個價值創造講座。 於2005年協助建立在香港首創的企業社會責任憲章，出任其創辦成員之一；並制訂首份港鐵公司企業社會責任指引，以及成立可持續發展和企業社會責任的策導委員會。
在兩鐵合併後多項新鐵路工程發生的種種問題，亦讓港鐵的管治失控漸見現形。 合營公司於2009年11月30日接管墨爾本鐵路的營運及維修工作，首期為期八年，並將該鐵路系統命名為「Metro」。 港鐵公司再於2008年11月跟瀋陽市政府及瀋陽地鐵集團有限公司簽訂協議，成立特許經營公司營運全長50公里的沈阳地铁一號綫及二號綫。 並和沈阳市政府成立聯合合作小組，研究瀋陽地鐵第四、九、十號綫，及一、二號綫延綫的發展。
港鐵職員: 物業租務、管理及其他業務
當發展商收到招標文件所提供入場費和補地價等資料，發展商提出的分紅等條件，成為中標的關鍵，若沒有標書合乎港鐵心目中條件，則會流標。 物業發展是港鐵公司業務的重要組成部分，並提供一個重要的收入來源，為鐵路項目的興建成本提供資金，同時亦因在物業發展項目附近產生的載客範圍而有助增加日後的鐵路路綫提供大量的乘客量。 另外，香港國際機場旅客捷運系統的維修合約是港鐵公司為期最長的顧問服務，為港鐵公司帶來每年約2億港元的收入。 港鐵站內共設有1529間不同類別的零售店舖提供多種貨品及服務，飲食、健康及美容、餅店、便利店、時裝、化妝品、飾物及精品店、涼茶及健康飲品、糖果、日用品、乾洗服務、補鞋店、書店、診所、旅行社以及銀行及理財服務等均一應俱全。 多款自助服務設施現已遍佈鐵路沿綫車站，包括自動櫃員機、自助照相亭、其他自助售賣機及各種電子服務等。
港鐵公司還提供港鐵物業管理、代理、港鐵八達通管制系統及樓宇環境衛生等服務。 於2020年12月底，港鐵公司於香港擁有多個物業管理合約，合共管理逾111000個住宅單位以及逾772000平方米的寫字樓及零售空間。 港鐵近年在鐵路，物業和其他業務都以以利益最大化，管理層聲稱要顧存股東利益，但香港政府實際才是港鐵的最大股東；另外，港鐵近年全力開拓非車務收入和非本地業務，同時又壓縮成本，犧牲了維修的人力物力投放，間接影響列車的安全可靠性和服務質素。 可是董事和管理層提供劣質服務卻可獲得丰厚酬金，加上高層的言論和態度，都令外界有感港鐵欠缺社會道德和責任。 不少市民要求港鐵管理層薪酬花紅需要與服務水平掛勾，但政府作為監管機構及港鐵大股東並沒有理會。
港鐵職員: 工作外判 影響列車安全穩定和服務質素
港鐵行政總裁梁國權6月7日出席電台節目時稱，按港鐵監督人員的匯報和書面紀錄，「推算」被剪短的鋼筋少於20多支。 港鐵再在6月15日公開紅磡站報告，將問題鋼筋由不多少20多支收窄至不多於17支。 港铁主导香港高铁建设，但在工作中出现了严重问题，造成了大量的超支和严重的延误，引发了香港社会的广泛不满，政府亦成立专门独立调查委员会调查该事件内情，委员会在调查报告中指出了港铁内部管理等方面存在的严重缺陷。
- 关于香港的城市軌道交通系統的路綫資料、運作與車輛等，請見「港鐵」。
- 近年，在香港的5個新鐵路項目正處於不同的規劃和建造階段，而落成後將使港鐵公司的網絡增加約60公里。
- 在兩鐵合併後多項新鐵路工程發生的種種問題，亦讓港鐵的管治失控漸見現形。
- 2008年「港鐵公司年報2007」於第22屆國際年報大獎比賽獲頒發「香港最佳年報」殊榮，年報及獲香港管理專業協會頒發2008年最佳年報獎「工商企業類」的銀獎。
- 港鐵於2014年初多次出現電纜絕緣體故障，被揭發使用中國製劣質零件，最終導致電纜爆炸初時港鐵拒絕向傳媒公佈供應商詳情，僅稱貨源是歐洲名牌，直至傳媒掌握近乎確實資料，才承認零件是中國製造。
- 港鐵一直將公眾可關注的城市規劃視為智識產權及商業利益一部份。
- 於2006年，SOHO中國有限公司訂立了委託港鐵公司管理豪華寫字樓／商業發展項目的3份新的物業管理合約，有關物業均位於北京的中心商業區，包括SOHO尚都、建外SOHO第七期及朝外SOHO。
即使港鐵在2012年6月表示新發展的住宅物業會依據「可持續建築設計指引」實施項目，必須達到香港綠色建築議會制定的綠色建築指標，並且取得綠建環評金級認證（BEAM Plus Gold Certification）。 不過由於寬免面積不納入發水上限一成內，因此將來發展的住宅物業只需縮減露台、會所及大堂設施面積即可達標，對於高度及體積，影響不大。 港鐵公司亦提供車站展覽場地，現時市區綫及機場快綫車站，共有51個展覽場地，加上在東鐵綫車站的14個展覽場地，為各參展商提供大小不同的場地，作為展出商品及推廣服務。 於2009年，TraxComm夥拍和記電訊於將軍澳86區完成了首項建築物內部鋪綫服務合作項目，優化住宅用戶電訊服務上的選擇權；並計劃將此服務推廣致車公廟、黃竹坑及青衣商場等港鐵物業。
港鐵職員: 港鐵車站藝術
消息人士向媒體透露是一名負責內地業務的高層懷疑捲入貪污調查，被港鐵即時解僱。 港鐵職員 港鐵職員 涉事港鐵高層負責中國內地業務，曾參與港鐵物業發展的首個內地樓盤項目—深圳龍華車輛段天頌，疑因售樓過程中涉貪而捲入貪污調查。 為配合香港社會的不斷進步，這標誌於1996年亦換上新面貌，除保留原有徽號外，更改為加上「地鐵公司」的中英文字樣，充分體現香港作為一個國際性都市的堅毅進取特質。
港鐵承認早在2015年12月已發現鋼筋遭剪短及造假，但蘋果日報取得的工程時間表顯示，部份涉造假鋼筋早在2015年9月已落石屎。 到5月31日，港鐵再度發新聞稿，改口暗示在2015年12月前已得悉有「施工質量問題」，不過未有交代發現問題的確實時間、數量及位置。 路政署發新聞稿指港鐵有責任確保工程質量符合標準，要求港鐵安排獨立第三方專家進行負重荷載測試，並於一星期內提交報告。 港鐵職員 》，採取一系列節能措施，包括在營運上採納能源效益措施及監察空氣污染物的排放。 港鐵公司亦已成為「香港氣候變化商界論壇」的金星級商界成員。
港鐵職員: 港鐵男職員涉冒警 要求兩少女拍裸露影片被捕
對於有人向田北辰報料指「見到工人扭鋼筋入連續牆的螺絲帽」，被港鐵質疑純屬揣測，田北辰強調消息只是「聽回來」而自己不掌握任何證據，稱「若有證據就一定會報警舉報」。 又指禮頓同樣「一直未提交任何證據顯示全部2.6萬支鋼筋都無剪短」，港鐵反而要求公眾「相信她們」，並不公道。 2005年起，港鐵公司與香港業餘田徑總會攜手舉辦全港最大型的競步比賽「港鐵競步賽」，鼓勵市民多做運動。 近年有業主透露因來年開支增加，要增管理費9%至18%不等。 葵芳新葵芳花園業主質疑，港鐵管理樓宇時涉不必要開支，例如每年更換垃圾桶、更換防煙門。 由於經理人酬金與屋苑管理支出掛鈎，結果港鐵所享酬金亦水漲船高，屋苑儲備至年底只剩84萬。
港鐵職員: 輕鐵
儘管其經營歷史較短，但TraxComm已向若干客戶出售了逾180千兆（Gbps）的頻寬服務。 這些年來，TraxComm不斷將其光纖基礎設施擴展至多個數據中心及商業樓宇。 於2007年，TraxComm已經在某些港鐵站引入Wi-Fi無綫上網。 長途列車方面，往北京西的長人二等車廂車費為1,204元，較當年通車便宜33元；商務車費則為3,768元，便宜100元。 杭州東方面，二等車廂車費為1,046元，便宜28元；商務車票則低88元，售3,263元。
港鐵職員: 香港鐵路業務
2009年，九龍南綫竣工，西鐵綫伸延至尖沙咀，紅磡站成為東鐵綫和西鐵綫的終點站。 近年，在香港的5個新鐵路項目正處於不同的規劃和建造階段，而落成後將使港鐵公司的網絡增加約60公里。 港鐵公司不但在公共交通系統企業中以擁有龐大盈利而聞名於世，在2008年度，其經營利潤增長57.7%至93.25億港元，是歷年最多。 同時，港鐵公司在香港交易所中的總市值超過1,500億港元，成為總市值最大的基建類公司。
港鐵列車數目由地下鐵路公司成立時的140卡車廂，增加至1863卡。 2013年11月13日，港鐵將開辦往來斯德哥爾摩與哥德堡的新高鐵列車服務。 港鐵職員 該鐵路綫全長455公里，名為MTR Express，由公司全資附屬公司MTR Nordic負責營運，每星期提供110班列車班次。
毛孟靜指她徵詢過專業人士意見，包括一名沙中線前工程人員，對方表示如是準備丟棄的垃圾理應不會堆放得如此整齊，而且該些廢料上亦支撐著喉管，並不尋常。 不過亦有專業人士認為，單憑這幾張圖片難以猜測是否真有人用廢料填充牆身。 不過，田北辰於6月24日於電台節目引述消息指，涉事鋼筋多達兩成，即有5,000多支被剪短，建議拆除混凝土抽檢鋼筋。
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案件交由西區警區重案組調查，警方以涉嫌假冒公職人員及製作兒童色情物品拘捕該名男子。 警方相信他有權限審視港鐵內所發生案件，懷疑他濫用職權獲得少女電話。 2009年港鐵公司及旗下商場德福廣場榮獲由《盛世雜誌》及商界環保協會頒發的「盛世環保企業大獎2009」。 2009年獲獨立研究公司Responsible Research最近確認港鐵公司在環境、企業責任及公司管治這三方面為香港表現最出色的公司，並在亞洲五十間上市公司中排名第二位。
同時，港鐵公司亦以雙層「Ktt」列車（「廣九直通車」）營運往返中國廣州的城際客運服務，讓中國鐵路公司營運來往香港和內地六個城市之間的直通車，這些城市分別為東莞、廣州、佛山、肇慶、北京及上海。 2010年3月4日，香港鐵路有限公司子公司港鐵杭州一號綫投資有限公司、杭州市地鐵集團有限責任公司之子公司與杭州市政府就杭州地鐵一號綫項目以公私合營模式合作，進行投資、建設及為期25年之營運，簽署特許經營協議。 ；而於香港交易所的中文簡稱地鐵公司於2007年12月6日才改稱港鐵公司；兩鐵正式合併後，引入可加可減機制以牽制鐵路的票價。 而合併後已經廢除轉車後的第二程車資，並提供不同幅度的減價優惠予乘客，但不包括輕鐵、過境綫，以及機場快綫；而《地鐵條例》適用範圍擴至原九鐵路線，並易名《港鐵條例》。 政府在1981至1995年期間多次增加該公司的法定資本至327億港元使地下鐵路公司可應用資本以興建包括機場鐵路在內的鐵路。 截至1997年3月31日止，經財務委員會批准，已向地下鐵路公司注資合共約321億港元。