2016年11月1日，與國立新竹教育大學合併，校名仍稱「國立清華大學」，原竹教大校地改設南大校區。 成立「竹師教育學院」、「藝術學院」、「南大校區系所調整院務中心」。 2007年1月，發行英文季刊《Newsletter》；教育部「發展國際一流大學及頂尖研究中心計畫」第一次實地考評。 增設語言學研究所碩士班，動機、電機兩系成立雙班。
1984年，增設人文社會學院、經濟學系、分子生物研究所博士班；化學工程研究所與高分子研究所合併為化學工程研究所；與工業技術研究院合作成立材料科學中心。 1948年（民國37年），梅貽琦校長離開北平前往南京，後出國赴紐約與中華教育文化基金董事會(現中華教育文化基金會)會商清華基金保管及運用事宜，確定國立清華大學將中國對美國的庚子赔款的退款使用剩餘部分存放至美國銀行設立“清華基金”，由梅貽琦校長掌控此基金。 1949年（民國38年）中華民國中央政府遷往台北，梅貽琦校長前往臺灣新竹市復建國立清華大學，至今此基金利息仍每年由銀行撥付給國立清華大學作為開支經費，目前僅有位於台灣的國立清華大學接收此基金。 國立清華大學除為台灣聯合大學系統的一員而與同屬該系統的國立陽明交通大學等校緊密合作外，亦與北京清華大學等海內外大學有著密切關係，發展MOOC課程、學術訪問制度及雙聯學位課程在內的交流合作。 2006年清華首度實施此計畫的結果，於2007年3月放榜，來自全臺150所高中的學生共150名獲得錄取。 其中的32所高中，分別屬於16個縣市，這些學校在過去四年來不曾有畢業生進入清華就讀；有10個縣市內的平均家庭收入，遠低於臺灣的平均家庭收入。
清華進修部: 碩士班公告
6月，材料科學中心與奈米微系統中心合併為奈微與材料科技中心，校務會議通過「國立清華大學教師學術卓越獎勵辦法」及「國立清華大學講座及特聘教授設置辦法」。 1981年，增設動力機械工程、材料科學工程、原子核工程研究所博士班。 8月，張校長調行政院國家科學委員會主任委員，校長由毛高文先生繼任。
1981年毛高文校長任內，正式設置（1995年修訂清大組織規程時，納入正式編制，更名為研究發展處），是臺灣各大學中第一個研究發展行政單位，下設各研究中心。 1983年為配合推動國防科技發展，與中山科學院合作成立自強科學研究中心，為推動跨院所系的教學與研究，成立校內原子科學技術發展中心及科學儀器中心。 1984年依行政院「加強培育及延攬高級科技人才方案」，成立材料科學中心，為全臺大學中四大重點科技中心之一。
清華進修部: 學生宿舍
從1969年開始舉辦，當時名稱為「梅竹錦標對抗賽」，梅竹錦標賽，係分別紀念清華前校長梅貽琦與交大前校長淩竹銘，「梅」代表清華，「竹」代表交大，項目則包含了球類、棋橋、中英文辯論、拔河等。 約於每年的3月舉辦，歷年來雖然因故停辦過數次，但梅竹賽依然是兩校每年共同的傳統盛事。 飲水思源，梅竹賽的緣起，當回溯至民國50年代；清華與交大在臺復校後，因兩校校地位置相鄰，且學生人數相近，而學生之背景與就讀的科系性質亦相似，所以兩校同學彼此之間在生活、課業與活動的往來就相當的頻繁，因而不斷的有聯誼活動。 在梅竹賽開辦當時，兩校為其應名「梅竹賽」或「竹梅賽」爭論不休。 最後清華張致一教授從口袋拿出了一元硬幣道：「出現梅花則稱梅竹，出現壹圓那面則稱竹梅。」銅板落定，梅竹之名從此便正式確定。
每年錄取10名，包括陸、海、空軍各2名，及資通電軍4名。 將星生進入清大後，大一不分系，大二再依其興趣分流到電機、資工、材料、經濟、人社、教育等系。 求學4年期間學雜費全免，可領每月1萬2千元生活費及每學期5千元的書籍費，畢業後以少尉任官，起薪近5萬元。 且所有將星生不論軍種，未來只要通過體檢，都可接受飛行官訓練。 未來還將安排學生到歐美頂尖軍校交換一個學期，開拓視野，與國外軍事生交流，並學習最新的軍事科技。
清華進修部: 校區
2008年2月，正式成立「清華學院」；獲教育部補助「發展國際一流大學及頂尖研究中心計畫」後三年（2008年至2010年）每年新臺幣12億元；成立產業研發碩士半導體元件及製程專班。 1956年清大在臺復校後首次招生，因校舍還未完工，以國立臺灣大學為上課地點，至此清大校務在臺正式運行。 1957年，清大在新竹的教學大樓、辦公大樓、教職員工宿舍、學生宿舍等相繼完工，學生於是返回新竹上課。 1961年原子爐興建工程完工，此原子爐土木工程部分由校友華泰建築師張昌華負責設計，機械裝置則由中油、臺電、臺灣鋁業公司分別派員操作，並得到經濟部聯合工業研究所的協助，是臺灣第一次由產官學界共同完成的成果。 在學術研究上，清華自29國130所（2011年4月）增加至49國319所（2020年4月）大學保持校際合作關係，各國交換學生、外籍生、華語學習的互動熱絡。 而國立清華大學也與國內的國立陽明交通大學及國立中央大學、國立政治大學三校共同組成台灣聯合大學系統，整合各校資源，共同成立研究中心。
8月，清華決定恢復文科研究所，設中文、外文、歷史、哲學四部。 1940年，因聯大校園屢遭日軍轟炸，教育部命聯大遷川。 8月，聯大決定於四川敘永設立分校，命一年級及先修班新生前往上課。 11月，為了培養大後方中小學教師，聯大成立師院附設學校。
清華進修部: 清華學堂（1911－1912）
2011年在教育部推出的「邁向頂尖大學計畫」（第二期五年五百億計畫）国立清華大學獲選為邁向頂尖大學之重點學校，重點補助低碳能源、奈微米科技互動、神經網路體、前瞻物質基礎與應用科學、先進製造與服務管理等五研究中心。 計畫為期五年，清大每年獲得新臺幣12億元補助，每位師生所得到的補助在12所獲選學校中排名第一。 清大為給學生先入學、瞭解志趣後再選系之機會，在陳文村校長任內，推行各學院院招生，強調跨院系教育、大一不分系，於2006年先增設理學院、科技管理學院學士班，逐年推至各學院，迄2009年，全校所有學院均設有院招生學士班。 另外在2008年陳校長任內，創立臺灣第一個強調住宿學院（Residential College）教育的「清華學院」，擷取世界頂尖大學住宿學院之精神，融合清華特色，帶給清華學子嶄新的學習與校園生活環境。 2006年清華繁星計畫公告後，新穎之招生理念獲得各界高度認同，教育部呼籲其他「發展國際一流大學及頂尖研究中心計畫」（五年五百億計畫）及「獎勵大學教學卓越計畫」之獲選學校加入此計畫。
自2013年陳力俊校長任內起，為進一步協助社經地位相對弱勢、資源較為缺乏，但具有潛力的學生，能有機會進入清華接受教育，清華於102學年度大學甄選入學個人申請，增設「旭日組」招生，以更細膩的方式照顧弱勢。 目前住宿書院共有「厚德書院」、「載物書院」、「天下書院」三所，各自帶有不同的發展取向，如厚德書院提倡社會關懷，載物書院主打創新創業，天下書院著重國際交流。 清華進修部 住宿書院底下包含服務學習課程及小組活動，如動物園志工，人權法律扶助等，提供在校學生從做中學的服務經驗。
清華進修部: 國立清華大學
至今清華校園活動裡，「紫荊魂」一劇依然常被重新演出。 把這兩種花視為校花，首先是由於它們與校旗，校色的顏色一致，（紫荊花為紫色，丁香花分為紫白二色）；其次是由於這兩種花都是在校慶日前後盛開。 亦有校友曾在校友通訊上建議，定其中之一或兩者為校花。
- 清華現有超過100個學生社團，社團的類別包括服務性、音樂性、學藝性、體育性、自治性及綜合性。
- 2018年9月21日至9月26日，陽明大學開始校務會議討論合併的會議，同時清華大學也成立「陽明合校發展委員會」 積極爭取合校。
- 也配合辦理旭日獎學金，藉由旭日計畫、繁星計畫、申請入學、指考分發、特殊選才、單獨招生等管道進入本校就讀的大學部學生，若符合經濟弱勢條件、特殊境遇家庭子女，以及與相關學業條件，將可申請每年十萬元獎學金，至多4年，經委員會審定後核發，讓經濟弱勢生就讀期間可安心就學。
- 將星生進入清大後，大一不分系，大二再依其興趣分流到電機、資工、材料、經濟、人社、教育等系。
- 位於中國北京的國立清華大學則由中華人民共和國政府接管，更名為清華大學。
- 1984年依行政院「加強培育及延攬高級科技人才方案」，成立材料科學中心，為全臺大學中四大重點科技中心之一。
2011年，「99學年度第4次校務會議」決定清華校花為梅花，為了紀念梅貽琦校長而來。 且梅竹賽行之多年，梅花已成為清大之精神象徵，也用在各種紀念品之上。 據《北京商報》報道，去年8月正式上線的中國老年人才網上，部分崗位招聘年齡被放寬到適合老年人選擇的空間。 但是大部分招聘平台如「Boss直聘」、「獵聘」等尚未有老年人求職專區。 想到場論就感到腸絞痛，講到偏微方程式就覺得偏頭痛，考到複變就一肚子宿便? 讓清大嚴大任教授帶你在學習工數的路上，不再處處碰壁，不必黯然神傷…
清華進修部: 學生輔導
你若會唱園內之“明日”，你當想起我們紫白的校旗，你便唱出風旗飄舞的節奏，飄啊！ 你在百尺高樓上飄搖著，近矚京師，遠望長城，你照臨著舊中華的脊骸，你照臨著新中華的心臟。 展開那四千年文化的歷史，警醒萬人，啟示萬人，賜給他們靈感，賜給他們精神！ 萬人肉袒負荊的時間過了，萬人臥薪嚐膽的時間過了，萬人四千年的文化！ 清華的校旗，用了傳統的紫白二色，紫色為底，中間為英文校名縮寫「TH」所組成的圖案，中間有一“清”字，上有「國立清華大學」字樣。 ，后引申出“水木清华”一词，并赋予“池水清澈，树木华美”之意，今日工字厅后匾额即为“水木清华”四字。
但因缺乏後續興建資金，2014年6月國立清華大學在行政院環保署環評專案審查會議中宣布無限期停工，後續移交國立宜蘭大學接手。 12月，在校園掀起反媒體巨獸學生運動，舉辦「哀悼清華精神已死」活動，為當代大學生參與社會運動的前哨站。 清華進修部 “清華學子，薈中西收新文明，改良我社會，促進我政治，所謂君子人者，非清華學草，今日之清華學子，將來即為社會之之鴻儒，集四方俊秀，為師為友，相磋相磨，他年遨遊海外，吸表率，語、默、作、止，皆為國民所仿效，設或不慎壞習，慣之傳行，急如暴雨，則大事僨矣。 深願及此時機，崇德修學，勉為真君子，異日出膺大任，足以挽既倒之狂瀾，作中流之砥柱，則民國幸甚矣！
清華進修部: 校園景點
此外，復校後的清華和相鄰的交大於1969年開始固定於每年春季舉辦「梅竹錦標賽」，比賽項目包含球類、橋藝、棋類、田徑、拔河等。 清華校友與許多知名大學包括台灣大學等，都有協助校友創業活動，以租用辦公室的方式，推廣其創業活動，如清華海峽研究院。 100學年度共計373名印度學生來臺就讀學位學程，多以攻讀博士學位為主，佔74%，居我外國學生來源國別之首，主要就讀於國立清華大學、國立交通大學及國立中興大學等。 工程學院為最熱門領域，計有129人，自然科學類(含物理、化學、天文學、地理科學、生物學等)有119人，生命科學方面 49人，商管類30人。 另外，更有超過100位以上的印度學生來臺學習華語。 12月，臺達電子創辦人暨董事長鄭崇華先生個人捐贈新臺幣2.2億元，配合「發展國際一流大學及頂尖研究中心計畫」經費興建教學大樓「臺達館」，供電機資訊學院、材料科學工程學系及奈米工程與微系統研究所使用，並贊助清大與臺達電子產學合作。
- 梅贻琦擔任清華校長長達17年，為清華最久任的校長，且对学校建设贡献巨大，确定了清华著名学府地位，被稱為清華永遠的校長。
- 你若會唱園內之“明日”，你當想起我們紫白的校旗，你便唱出風旗飄舞的節奏，飄啊！
- 計畫為期五年，清大每年獲得新臺幣12億元補助，每位師生所得到的補助在12所獲選學校中排名第一。
- 5月4日，西南聯大結束，學生依志願分發，入清華者932人，入北大者644人，入南開者65人。
- 自2013年迄今，旭日計畫招生成果為：102學年度錄取2名；103學年度錄取2名；104學年度錄取15名；105學年度錄取25名；106學年度錄取40名；107學年度錄取40名。
- 1955年，「中美合作研究原子能和平用途協定」正式簽字，政府決定設立原子科學研究機構，發展原子科學之研究，乃電召梅貽琦校長返國籌議。
其中大學部一、二年級有新生保障優先住宿權，三年級以上則視空床數進行抽籤。 另碩二以上和博二以上的研究所學生也擁有優先住宿權。 研究生宿舍計有雅齋、善齋（以上為女生宿舍）、平齋、明齋、清齋（以上為男生宿舍），另有鴻齋為男女混合之宿舍，2008年8月底，完成2棟共1000床學生宿舍供研究所學生居住，定名為學齋及儒齋；住宿率提高至55％以上。 9至10月間審核新任校长候選人資格、並辦理面談，選出1至2位推薦人選，之後向校內外推薦候選人，並辦理說明會及全校教授副教授同意權投票，在年底前參酌校內投票結果，選出新任校長，報請教育部聘任。 1909年，利用美國退還的庚子賠款，考選留美學生，成立「遊美學務處」。 1916年除夕，聞一多所在的中等科曾以「Mu ch Ado about Nothing」為劇名，參加校內演劇競賽獲優勝獎，這個劇的中文題名即為「紫荊魂」，可能也與讚頌紫荊的品性有關。
清華進修部: 學習無藩籬 – 把清大老師帶回家！
台灣聯合大學系統跨校選授課校際專車：跨校選修課的學生以及公務上需要的教職員可申請座位搭乘，在清華、交大、中央、陽明間往返。 若無申請者，則視空位斟酌給予上車，免費，須出示證件。 梅竹賽是清華與交通大學之間，一年一度的校際競賽。
清華進修部: 國立西南聯合大學時期
師生陸續北返，只留下師範學院改為國立昆明師範學院。 7月，清華中文系教授聞一多遭國民黨特務刺殺，昆明發生學潮，梅校長赴滇解決。 10月10日，正式於清華園上課，收集補充圖書儀器設備，並招考新生。 1948年，清华大学扩充农学、气象学、法学、航空工程等院系。 同年11月24日，在中国人民解放军进攻下，国民政府教育部督学前来谈迁校事宜，并接走清华5位教师。
清華進修部: 學士班公告
从派遣留学逐步转为培养本国人才，在1925年5月成立大學部，始创四年制學士教育，開始招收大學一年級生，稱為新制生，而留美預備部學生為舊制生，之後清華學校由留美預備部、大學部、國學研究院三個部分組成，並逐步向綜合性大學過渡。 至1926年，大學部共成立17個學系，包含中國文學系、西洋文學系、歷史學系、經濟學系、教育心理學系、物理學系、工程學系、體育學系、音樂系等，已經形成大學的初步基礎。 清華進修部 國立清華大學的校本部與國立陽明交通大學光復校區、工業技術研究院光復院區及新竹科學工業園區相鄰，與國立新竹教育大學於2016年合併後，現共設有12個學院及1所附設學校、1個附設診所，於2022年聘有約900名專任教師，並約有18,100名學生在學。
1991年5月9日，發生獨立臺灣會案，法務部調查局幹員在未知會校方的情況下進入校園，拘提歷史研究所碩士生廖偉程，引發臺灣社會與大學校園劇烈反彈。 2006年以來，在教育部推出的「發展國際一流大學及頂尖研究中心計畫」及「邁向頂尖大學計畫」，清大獲選為重點補助的學校，正穩健地邁向世界一流學府之林。 在2021年QS世界大學排名，国立清华大学位居全球168名。 在2021年QS亞洲大學排名，國立清華大學位居全亞洲大學第33名。 清華進修部 在2020年QS畢業生就業力排名，國立清華大學位居世界第 名。
清華進修部: 碩士專班
1973年，經教育部核准，成立工學院、理學院與原子科學院，清大從原本的原子科學所擴張為理工大學。 1975年，張明哲擔任清華校長，在其任內，清大為了整合全校研究及對外合作，規劃成立研究發展委員會。 1980年大學部增設中國語文學系，清大逐漸邁向綜合大學之路。 清华在战争伤痕下努力恢复发展，1946年2月，部分系所勉強於北平清華園重新復課。 5月4日，西南聯大結束，學生依志願分發，入清華者932人，入北大者644人，入南開者65人。