，行政長官會同行政會議批准《將軍澳分區計劃大綱草圖》，以便地鐵公司展開將軍澳支線車廠和車站「將軍澳南站」工程的同時，一併在將軍澳第86區進行相關物業發展。 同年4月，城市規劃委員會通過地鐵公司就第86區綜合發展計劃制定的總綱發展藍圖，該區會建造約50幢住宅大廈連輔助社區設施，約有21,500個單位，可供大約58,000人居住，地鐵公司計劃在12年內分期發展該區。 經過多輪磋商，地鐵公司於2002年5月與政府簽訂將軍澳86區地鐵車廠上蓋物業發展項目的租契協議，當年更由前主席蘇澤光親自出席簽約儀式。 行政長官會同行政會議在1998年10月20日正式批准地鐵公司興建將軍澳支綫，雙方於11月正式簽定工程計劃協議；為了進行鐵路工程，當局須收回分別位於將軍澳華人永遠墳場和坑口兩幅地下層土地。 耗資305億元的將軍澳支綫於1999年4月24日展開工程，預計2002年12月完成。
在2013年5月13日和2014年4月15日，列車在將軍澳綫行走和載客以進行試驗，為日後的緊急調度安排準備，目前未有將該款列車調往將軍澳綫服務的計劃。 北車長客列車在首次載客試驗後，在2013年12月16日調景嶺站至油塘站架空電纜故障期間首次進行緊急調度，沿觀塘綫至藍田站後經將軍澳綫過海段往北角站，故障排除後一段時間亦曾行走將軍澳綫。 將軍澳線 同時，為紓緩鰂魚涌站轉綫通道的擠塞情況及未來的將軍澳綫乘客量需求增加，地鐵公司決定在1998下半年時把現時的北角站月台南方加建兩個月台，使港島綫的月台由側式月台變成島式月台，增建同向跨月台轉車通道，並將觀塘綫由鰂魚涌站暫時延長至北角站，直至將軍澳綫工程完成後一併列入將軍澳綫內。
將軍澳線: 服務時間
然而，由於鐵路在實際營運中可載客量受制於不同因素（例如月台幕門及月台閘門令列車在每個車站停留在月台的時間延長了約10秒），因此將軍澳綫最高列車班次下的最高可載客量（以每平方米站立六人計）只達67,500人次。 繁忙時間每兩班車來往寶琳後，就有一班來往康城，稱為「2+1」制度；即每小時共有18班來往寶琳，班次平均約2.5 / 4分鐘，以及9班來往康城，班次平均約7分鐘。 另設穿梭車來往調景嶺及康城，並於調景嶺以西的五桂山側綫掉頭。 因應將軍澳車廠終止外判制度，以及康城站2009年啟用，同年3月起每逢假日都有韓製列車行走將軍澳綫，5月起更在平日日間非繁忙時間行走，以測試訊號，及讓新入職車長駕駛韓製列車。 將軍澳線 港鐵原本計劃於7月將所有韓製列車調回將軍澳綫，經測試後，察覺到列車上電腦未能準確計算停車位置而影響行車時間和班次，最終決定再次暫緩實施，以調節系統設定。
- 同年下旬，港府宣布興建新機場及相關配套設施，被外界稱為「玫瑰園計劃」。
- 港島綫，故該站西面設有越位隧道，經堡壘街區地底伸延至天后廟道與炮台山道交界處地底，供列車調頭。
- 另事故發生後逾一小時，接駁巴士始見相關指示，認為港鐵有需要再完善。
- 有學者指，這些噪音是列車轉彎時與路軌之間產生磨擦而產生，彎度越急，噪音便會越厲害。
- 政府於1997年9月26日在憲報刊登將軍澳支線（第一期）方案，這條鐵路全長9.5公里，有五個新站－－油塘、調景嶺、將軍澳、坑口和寶琳。
- 乘客使用此付款方式，使用此支付方式的乘客可享有中途下車之分段收費，以及與其他九巴／龍運獨營路線或聯營線九巴／龍運班次之轉乘優惠，惟不適用於與非九巴／龍運路線之轉乘優惠，亦不能享有「公共交通費用補貼計劃」及「長者及合資格殘疾人士公共交通票價優惠計劃」。
此路線定線較乘搭港鐵直接及便宜；加上除了將軍澳乘客以外，亦因在葵涌至彩虹之間只作有限度停站，比服務範圍相近的38、40及42C線更為快捷，吸引不少往返荃葵及黃大仙至彩虹的乘客選乘，因此甫開辦便備受歡迎，在繁忙時間、星期六及假日更經常頂閘，九巴會在需要時額外增加班次疏導乘客。 全程車費優惠，折扣後全程車費為$9.2 （現時為11.3）。 車費當時較同區路線較短的98C、98D、297便宜，而此線現時仍比798（$11.4)便宜兩線開辦前是少數落實開辦日期前未有確定路線編號的計劃中新線。
將軍澳線: 將軍澳綫列車脫鈎｜張欣宇指「甩卡」屬最危險故障：無傷亡係好彩
事件導致調景嶺站至寶琳站／康城站的列車服務暫停近4小時，期間有乘客更表示在將軍澳站被告知沒有安排接駁巴士，結果須徒步前往調景嶺站乘搭港鐵。 其後港鐵於當日晚上宣布將「全面檢討資產管理及維修保養制度」。 受2019新型冠狀病毒疫情影響，各項防疫及抗疫措施令市民減少出行，乘客量大幅減少，因此自2020年1月23日起削減非繁忙時間3+1制度中1班往返寶琳站的班次至今並使到將軍澳綫全日均採用2+1制度。 港鐵曾在2020年2月29日至10月18日期間，安排星期六早上所有由北角站開出列車以寶琳站為終點站，而康城站開出列車則以調景嶺站為終點站。
除了鰂魚涌站及東區海底隧道路段外，將軍澳綫列車沿途駛經多個彎位。 寶琳站只設有一個月台，從坑口站開往寶琳站的列車，必須等待寶琳站月台的列車開出後，方可開始駛入寶琳站。 計算列車出入站的安全距離和乘客上落車所需時間，前後兩班列車相距最少需時2分30秒。 五桂山隧道為四綫設計，平分予觀塘綫與將軍澳綫使用，並附設五桂山側綫供將軍澳綫康城穿梭列車調頭。
將軍澳線: 班次
到1988年2月，地鐵與港府正式商討時，方案微調至1993年動工及1997年通車，預計通車時將軍澳人口超過20萬，會有足夠乘客量，設5個車站，包括油塘、填海區、將軍澳工業區、坑口及將軍澳市中心。 1989年9月，地鐵主席馬達誠表示仍未落實興建將軍澳綫，要視乎將軍澳人口增長及該處填海的進展。 同年下旬，港府宣布興建新機場及相關配套設施，被外界稱為「玫瑰園計劃」。 因其工程浩大、耗費不菲，港府決定暫緩將軍澳新市鎮第三期填海發展，令區內潛在人口數量大減。 布政司署運輸科在1990年1月發表《 香港運輸政策白皮書》，把將軍澳支綫納入未來鐵路版圖。
然而Rotem列車的總數未達將軍澳綫所需的16列列車，因此將軍澳綫現在仍有由觀塘綫抽調的都城嘉慕列車行走，派車不定。 2015年2月至11月間，更開始抽調市區綫中國製列車行走本綫，成為當時唯一一條同時有三款列車行走的路綫（2022年11月27日起，觀塘綫亦出現M-train,C-train,Q-train共同行走的情況），但此安排已於2015年11月底結束。 2002年，前地鐵公司發現韓製Rotem電動列車（當時購入13列）不能即時適應2套新舊列車系統，而且地鐵公司把將軍澳車廠外判給澳洲戈尼南（Goninan）公司（即負責翻新都城嘉慕列車的公司），但該公司不懂維修韓製列車，所以該款列車無法行駛將軍澳綫。 為了讓將軍澳綫能如期通車，地鐵最終將韓製Rotem電動列車派往觀塘綫，並重組都城嘉慕列車 (M-Train)的車卡排列，把大部分於1988年至1989年期間由英國都城嘉慕（第2C代車卡）和於1994年至1998年由阿爾斯通所製造的車卡（第3代車卡）調至將軍澳綫行走（拖卡除外），合共15列列車。 2009年7月26日，康城站通車，當時來往康城的列車主力以英國製都成嘉慕列車行走，甚少使用韓國製Rotem列車行走。 在2013年5月至2015年期間有中國製列車行走將軍澳綫。
將軍澳線: 列車簡介
另事故發生後逾一小時，接駁巴士始見相關指示，認為港鐵有需要再完善。 港鐵短短一個月內發生兩次嚴重事故，將軍澳站列車昨（5日）早發生「機件故障」，兩車卡連接的掛鈎移位，調景嶺至康城及寶琳站服務受阻四小時。 立法會鐵路事宜小組委員會副主席張欣宇今（6日）於港台《千禧年代》表示，「甩卡」是列車故障中最危險一種，幸安全防護裝置發揮作用，遂無釀成列車一分為二險象，且未有傷亡亦是「好彩」。 他認為，港鐵接二連三發生事故，應全面檢討維修保養制度及人手安排，而非亡羊補牢，倘詳細調查結果出爐後仍現有疑慮，港府應考慮介入或委任第三方作獨立調查。 營辦的過境巴士路線，設有將軍澳線以及油塘線往來深圳灣口岸，分別途經健明邨、坑口（東港城）、寶林（浩明苑）、黃大仙，以及油塘、觀塘、牛頭角，為將軍澳、觀塘區及黃大仙區居民提供來往深圳灣口岸的過境巴士服務。
項目設3座大廈，提供1,472伙住宅單位，於2006年中入伙。 君傲灣和基座商場君薈坊均由港鐵管理，而君薈坊已於2014年併入PopCorn，易名為PopCorn 2。 全屋苑有12座，平均樓高約50層，合共提供4,542個單位。 地鐵公司參與了第三期(即將軍澳豪庭)的發展，其他發展商有新鴻基地產、恆基兆業、華懋集團及南豐發展。 為調景嶺港鐵站上蓋的住宅項目，總共有9座，分兩期發展，第1期包括1至5座（不設第4座），2期為6至10座，名為城中駅。
將軍澳線: 使用車輛
當將軍澳綫過海路段暫停服務，視乎受影響路段，透過後備行車隧道連接藍田站及鰂魚涌站，維持過海列車服務。 但實際上如心廣場巴士總站仍有車坑供應，最終龍運巴士A31線遷往該站，騰出空間予新線遷入以及方便如心海景酒店之旅客往返機場。 由於全長近200米的列車要在不足1公里內轉一個90度或以上的急彎，鋼輪與鋼軌急速摩擦發出很大聲音，而且將軍澳綫除了北角站至東區海底隧道、五桂山隧道和百勝角隧道外，全綫為密封的方形切面隧道，比圓形切面隧道較容易引起回音，所以列車行駛時產生巨大噪音。 所以通車初期，很多乘客都還未習慣繁瑣的轉車過程，加上將軍澳綫的列車班次疏落，一度引起混亂，期間亦導致東九龍居民改乘東隧巴士前往港島區。
- 《未配合地鐵訊號 影響逾8萬客 韓製列車「慢行」 恐礙將軍澳綫》，原載《香港經濟日報》。
- 他又稱，為配合將軍澳線的乘客量變化，港鐵於去年8月，已加強非繁忙時段來往調景嶺站及康城站的列車服務。
- 另設穿梭車來往調景嶺及康城，並於調景嶺以西的五桂山側綫掉頭。
- 由於標書要求兩線必須使用歐盟五型或以上排放標準車輛行走，但由於其他路線車輛亦會柯打本線，因此或會出現非歐盟五型車輛。
他又指，今次肇事列車是俗稱「K-train」的韓製列車，全世界不同地方均有使用，惟他任職鐵路30多年生涯中，僅見同款韓製列車出現兩次意外，「唔好彩兩次都係香港發生」，對上一次是93年荃灣線列車駛往大窩口站時「脫卡」，但當時與今次情況稍見不同。 他說，車卡間有機械、電力及氣壓連接，惟現階段未有充足資料，難判斷鬆脫成因，但他憂慮，港鐵短期內在關鍵鐵路系統接連發生事故，或代表非單一技術因素所致，甚至有系統性維修風險，認為港鐵應全面檢討維修保養制度及人手安排。 現時每次發生事故時，港鐵始亡羊補牢，「每次就好似救火咁，但愈係咁做，日常預防性維修就會做少咗，結果故障風險又會增加，造成惡性循環。」他認為，待港鐵公布調查結果後，倘仍有未能釋疑情況，港府應考慮介入或委任第三方作獨立調查。 將軍澳線 組別由將軍澳（彩明）開出→由荃灣西站開出→由將軍澳（彩明）開出1290→290A→ A→290→290A然而隨着子路線290B及290X逐步加強服務，上述安排不再適用於全數車輛。 由於標書要求兩線必須使用歐盟五型或以上排放標準車輛行走，但由於其他路線車輛亦會柯打本線，因此或會出現非歐盟五型車輛。
將軍澳線: 將軍澳綫南延綫
乘客可以透過iOS或Android應用程式「MTR Mobile」或使用經「data.gov.hk」授權的應用程式查閱輕鐵、東涌綫、機場快綫、將軍澳綫、東鐵綫、屯馬綫及南港島綫未來四班抵站列車的到達時間，亦可以在港鐵網站查閱詳細時間表。 將軍澳線 2008年2月10日：港鐵與政府簽立鐵路地段增批契約，接收將軍澳綫途經東區海底隧道路段，以及鰂魚涌站過海月台。 早於1981年，香港政府已在內部研究興建通往將軍澳的鐵路，該年提出的《將軍澳新市鎮交通研究》設計了八個的輕鐵和重鐵形式設計的路綫連結將軍澳到市區，部分方案更建議路綫以跨海大橋方式伸延到筲箕灣。
2018年2月12日：一輛往彩明方向的車牌TP字頭的九巴290號巴士，在寶琳路近馬游塘路被警方發現懷疑超速，遂將該巴士截停，並向兼職男司機抄牌，該司機事後已被停職。 將軍澳線 290B荃灣西站開經：大河道、青山公路（荃灣及葵涌段）、昌榮路迴旋處、葵涌道、呈祥道、龍翔道、清水灣道、新清水灣道、順清街、順利邨道、秀茂坪道、寶琳路、寶琳北路、寶康路、唐明街、景嶺路、翠嶺路、寶邑路、環保大道、百勝角路、環保大道及駿日街。 2018年4月起，本組路線先後引入「城市脈搏」塗裝的Enviro500 MMC 12米作掛牌，落車門上方改用動態乘客資訊系統取代「請勿下車」燈箱。
將軍澳線: 列車數目
整個項目初期名為「夢幻之城」（Dream City），項目總綱發展藍圖經數度修改後，將軍澳南站的設計和建造亦正式落實，當局須收回百勝角部分私家地段的地下層，涉及地底大約12-35米的深處進行隧道挖掘工程。 不過，由於有關地段位於「地下鐵路保護區」內，其發展方式不得影響鐵路運作。 為代表顏色，是港鐵第三短的營運路綫，僅次於南港島綫和迪士尼綫，也為目前全球第二短的重鐵路綫，僅次於加拿大滿地可地鐵黃線；而此綫以其服務將軍澳新市鎮而命名。 康城站已於2009年7月26日正式投入服務，將軍澳線列車現於將軍澳站分支，南行列車前往康城站，北行列車則經坑口站前往寶琳站。
經過多月西貢及觀塘區議會的討論，運輸署於2014年6月4日決定採納方案3C，秀茂坪區並繞經秀明道，原定將在2014年6月下旬正式招標，預計2015年初投入服務。 將軍澳線 然而，由於西貢區議會強烈不滿定線過於迂迴及間接使用西貢區的巴士資源服務觀塘，運輸署表示會研究採用快線方案，經觀塘繞道及九龍灣外圍前往龍翔道，避免途經秀茂坪及四順。 至於東九龍線，他表示，由於鐵路走線沿線地勢起伏，受重型鐵路的爬升能力所限，部份路段須深入地底，預計工程會有相當大的技術困難，主要是克服山勢所造成的技術問題。
將軍澳線: 通車日期
地鐵公司於1995年5月展開將軍澳支線可行性研究，於1996年完成。 地鐵公司在研究期間找出多個方案，最後選擇以寶琳為起點，途經坑口、將軍澳市中心、調景嶺、油塘，再經東區海底隧道及鰂魚涌，前往北角。 該支線與觀塘綫的轉綫站設於油塘及調景嶺，乘客只要橫過對面月台便可轉車。
將軍澳線: 港鐵將軍澳線有望延長？ 陳帆︰探討配合將軍澳137區土地發展
2019年：西貢區議會文件顯示，將軍澳綫最繁忙路段載客率為70%（每平方米6人計算）或98%（每平方米4人計算）。 雖然將軍澳車廠、寶琳站及康城站及建於地面，而油塘站兩層月台分別是地面及架空設計。 將軍澳線 將軍澳綫是港鐵首條沒有任何路段建於橋面上的路綫，大部分均是地底隧道路段，只有康城站與百勝角隧道之間有一小段露天路段；康城站啟用之前，更全綫都是密封式隧道。
將軍澳線: 九龍巴士290線
現時全綫共有8個車站，當中5個為轉車站；除了油塘站、寶琳站及康城站為地面車站，其餘均為地底車站。 蔚藍灣畔位於將軍澳坑口培成路15號，為鐵路上蓋式私人屋苑，於2005年入伙。 屋苑共有6幢住宅大廈（第1、2、3、5、6及7座），以L形排列，提供2,130個單位。 商場位於住宅基座二樓，樓面面積約60,000方呎，共有54舖位，由43個商戶承租，店舖面積由100至3000方呎不等，由港鐵管理。 天晉位於將軍澳唐賢街9號，是港鐵將軍澳站上蓋綜合發展項目中的住宅部分，該綜合發展項目還包括香港九龍東智選假日酒店、香港九龍東皇冠假日酒店、服務式住宅「星峰薈」、大型商場PopCorn及甲級商業樓面。 將軍澳綫在2013年發生最少八宗事故，其中3月曾發生訊號故障，令沿綫列車須停駛；1月北角站月台幕門因電纜絕緣裝置故障而發生火警，令服務受阻近三小時，同年12月中更曾全綫停駛五小時（見下文）。
將軍澳線: 將軍澳綫3+1
都會駅是長江實業於將軍澳首個發展項目，除地鐵公司（現稱港鐵公司）和長實，南豐集團亦是發展商之一。 政府在2000年提交立法會的文件清晰指出，港鐵估計將軍澳支綫費用總額達305億元，港鐵不需要政府注資，但要求取得調景嶺、將軍澳市中心、坑口各站和86區車廠（即現時日出康城）的物業發展權。 2019年9月4日，晚上約9時正，大批示威者到寶琳站集結要求站長交待就8月31日晚上將軍澳綫各站提早關閉的原因。 在不同的非繁忙時間，列車數量均有不同，但會維持2列列車行走康城站至調景嶺站的穿梭列車。
將軍澳線: 月台幕門
港鐵車務工程總管李家潤在電台表示，初步分析電腦數據，發現訊號系統區間電腦之間有大量資料傳輸同步，耗用電腦大量資源，與程式設定有關，但看不到事件與測試新系統或人為因素有關，其中本綫在發生故障途中發生。 李家潤說，有關情況應首先在荃灣綫發生，強調凌晨4時30分已完成測試並成功轉回現有系統運作，又指現有系統沒有和新系統連接。 與此同時，將軍澳隧道在市區綫發生故障時發生交通意外，再度令將軍澳淪為「孤島」，自此區內開始有聲音要求開辦來往將軍澳至港島的渡輪服務。
2015年3月28日：290及290A線投入服務，開辦首年推出$1.5全程車費優惠，折扣後全程車費為$9.2。 2018年：立法會文件顯示，將軍澳綫最繁忙路段載客率為71%（每平方米6人計算）或100%（每平方米4人計算）。 據行政長官李家超於2022年發表《施政報告》中提及將軍澳綫將由康城站向南延伸至第137區，以優化該區的交通配套。 雖然隨着Rotem列車陸續調回將軍澳綫，情況已大有改善，但目前將軍澳綫仍有少量都城嘉慕電動列車，所以噪音問題仍然存在。
將軍澳綫在2009年8月21日，上午8時30分，曾發生信號系統故障，當日中午曾成功修復，但一小時後信號再次故障。 來往北角站至寶琳站之列車服務受阻，交替以寶琳站和康城站為終點站的「3+1」安排亦需暫停一天，改設來往將軍澳站及康城站的特別列車服務。 將軍澳綫是港鐵第一條沒有任何路段建於橋面上的路綫，全綫月台均為密封式，其車廠亦建於地面。 這是由於寶琳站附近的樓宇密度比較高，為免列車行駛時的噪音影響附近民居，所以把車站範圍都完全覆蓋。 由寶琳站至坑口站的一段，路軌由路面轉往地下，上蓋建成地鐵沿綫最長的平台花園。 油塘站和康城站雖然建於地面，但月台均屬密封式設計；唯列車進出車廠或康城站時會經過一小段的有蓋露天路段。
將軍澳線: 將軍澳車廠／康城站項目：日出康城
工程所需的必要收地及清拆工作如能順利完成，鰂魚涌紓緩擠塞工程及將軍澳支線的建造工程分別可在2000年年底及2002年年中竣工。 將軍澳線包括於2001年9月開始運作的鰂魚涌紓緩擠塞方案，及於2002年8月開始運作的將軍澳支線。 前者於鰂魚涌及北角之間提供一個新的連接；而後者將伸延並提供服務至將軍澳新市鎮。 將軍澳線由北角終點站至寶琳終點站長10.7公里，共有5個中途站，分別為鰂魚涌、油塘、調景嶺、將軍澳和坑口。 將軍澳綫列車行走多個路段（尤其是站距最遠的將軍澳站至康城站、調景嶺站至油塘站及過海段）時，由於車速高達每小時60公里以上，即使在車廂內，噪音仍會持續超過100分貝，音量大得完全蔽蓋報站系統和電話聲。 有學者指，這些噪音基本上是來自列車和路軌之間的磨擦聲，是列車轉彎時會出現的，而彎度越急，噪音便會越厲害。