1998年，政府落實將將軍澳綫交畀地鐵起，同時亦決定將東區海底隧道路段交畀將軍澳綫，而觀塘綫嘅總站就由港島改返去新界嘅調景嶺站。 2005年6月1號開始，欣澳站啟用，要嚟準備迪士尼綫喺8月啟用。 機場快綫同埋東涌綫嘅全程行車時間分別修訂為24同埋28分鐘。
此鐵路線可望紓緩東九龍半山與及觀塘綫觀塘道沿線壓力，亦可為將軍澳綫作出分流。 來往北角站至康城站的班次只會於平日及星期六繁忙時段提供服務，其餘時段所有列車均以寶琳站為終點站，前往康城站的乘客須在將軍澳站轉車。 2013年1月24日，北角站將軍澳綫3號月台的月台幕門於早上約10時20分因頂部的固定支架絕緣裝置突然短路起火冒煙，車務控制中心決定關閉車站，大批消防員接報後用滅火筒將火噴熄，並拖喉戒備。 期間將軍澳綫調景嶺站至北角站一段一度因火警而暫停服務；而港島綫列車亦一度不停北角站。 事後服務雖回復正常，但該月台的所有月台幕門需要全數打開，並由月台助理把守，列車進出車站時均需以人手限速駕駛。
將軍澳地鐵站: 車費
2019年9月4日：晚上於港鐵寶琳站，大批市民於站內聚集要求港鐵回應8月31日停駛事件，有市民與在場示威人士發生衝突，一名女子疑因拍攝大頭照而被在場人士包圍，雙方發生推撞。 港鐵約凌晨12時表示，因寶琳區有公眾活動進行，為審慎起見，將軍澳線寶琳站已經暫時關閉，列車亦不停寶琳站，並改以坑口/康城為尾站，以保障乘客及員工的安全，直至另行通知。 翌日上午0時5分，港鐵表示，因寶琳區有公眾活動進行，為審慎起見，將軍澳綫寶琳站已經暫時關閉，列車亦不停寶琳站，並改以坑口站為尾站，以保障乘客及員工的安全，直至另行通知。
寶琳站旁的新都城二期地面建有寶林公共運輸交匯處，供乘客轉乘巴士或小巴前往其它地區。 雖然公共運輸交匯處位於寶琳站旁，唯由於被車站側綫阻隔，乘客需取道上層及新都城中心二期商場才能到達。 大堂非收費區內以及A、B出口上層連接新都城商場通道旁均設有各類型的商店，如便利店、時裝店、麵包糕餅店、診所等，以及不少自助服務設施供乘客使用，包括自動櫃員機、自動售賣機及自動照相機。 客務中心位於大堂中央，而近出入口行人電動扶梯旁則設有香港郵政郵箱。
將軍澳地鐵站: 香港
新世界第一巴士服務有限公司，〈970X號線及X970號線延長至長沙灣（甘泉街）〉［新聞稿］，2020年9月28日。 香港特別行政區政府運輸署，〈因應永久封閉南昌站公共運輸交匯處的公共運輸安排〉［交通通告］，2012年9月20日。 2016年：早上繁忙時段平均載客率為39%（清水灣半島開）及34%（蘇屋開），下午繁忙時段平均載客率為39%（清水灣半島開）及71%（蘇屋開）。 彩富閣往寶盈花園：$3.2收費備註12歲以下小童及65歲或以上長者半價優惠；半價後不足一角之餘數亦作一角計算。
故港鐵為舒緩車站2號月台的擠迫情況而在上午繁忙時間增加由太古側線或柴灣車廠開出的加班車，直接由北角站起載。 康城站啟用後，將軍澳綫於繁忙時間以「3+1」形式來往北角站至寶琳站，以及北角站至康城站，每3班往寶琳的列車，就有一班往康城的列車。 油塘站啟用當日，將軍澳綫介乎油塘站至北角站之間的一段亦提早投入服務，取代觀塘綫使用超過10年的東區海底隧道路段過海往香港島，同時觀塘綫終點站由北角站改為油塘站，讓乘客預先熟習往返觀塘與港島的全新轉車安排。 期間將軍澳綫列車在油塘站落客後，繼續空載駛至五桂山側綫，掉頭駛回油塘站上客，而觀塘綫列車在油塘站落客後，繼續空載駛至調景嶺站的越位隧道，掉頭駛回油塘上客。
將軍澳地鐵站: 車站書法字
星期六日間非繁忙時間及星期日日間有11列列車運行，晚間則減至10列。 在星期一至星期六的早上和星期一至星期五下午繁忙時間，將軍澳綫有16列列車運行。 將軍澳地鐵站 但由於韓製Rotem電動列車僅有13列，故須有3列都城嘉慕列車。
- 將軍澳南另一大型居屋寶盈花園隨後開始入伙，初期只有796M及796X線提供服務，居民需步行到尚德邨才能乘搭巴士前往觀塘。
- 寶琳站只設有一個月台，從坑口站開往寶琳站的列車，必須等待寶琳站月台的列車開出後，方可開始駛入寶琳站。
- 康城站（LOHAS Park Station）位於將軍澳新市鎮第86區，車站上蓋為大型綜合發展物業「日出康城」（LOHAS Park），而南面為港鐵將軍澳車廠。
- 2015年6月14日：早上六時許，一輛往尖沙咀東方向的富豪超級奧林比安（5050／JV7020）在觀塘繞道近順業街對開發生故障，停泊慢線路邊期間被一輛的士撞向車尾，車上三人受傷。
- 港鐵回覆《香港01》表示，有留意康城站周邊的發展及乘客量轉變，該站整體運作大致暢順，會繼續留意車站情況，適時檢討。
- 專綫小巴使用任何八達通於此站出閘並轉乘任何專綫小巴路綫可享至少$0.3轉乘優惠，反之亦然。
大堂內設有不同類型的商店供乘客購物，例如有便利店、糖果店、麵包糕餅店、時裝店等，所有商店主要分佈在非收費區內，以及不少自助服務設施供乘客享用，包括自動櫃員機、自動售賣機和自動照相機。 客務中心位於大堂中央近C出口旁亦設有香港郵政郵箱；而B2出口旁亦設有「會員服務站」。 使用單程票的乘客如欲經尖沙咀站或尖東站轉綫，將被視作兩程車程。 乘客須先購買一張前往該站的車票，車票於該站出閘時會被閘機收回，乘客須再另購一張車票，繼續餘下車程，但兩程的合計車費會高於使用一張單程票前往同一目的地。 持有二維碼的乘客如欲經尖沙咀站或尖東站轉綫，將被視作兩程車程。
將軍澳地鐵站: 車站用途
2011年7月5日：增設由元州街近營盤街往南昌站之分段收費（$3.4），及由南昌站往青山道近永隆街之八達通短程分段收費（$3.4），以方便受702線改道影響之原有乘客。 2005年5月1日：往蘇屋方向改經唐賢街、唐明街及寶順路往翠嶺路，並恢復唐賢街「將軍澳天主教小學」站，以回應將軍澳中心業主委員會反映寶邑路設站偏遠問題。 來回程不再繞經唐俊街（寶邑路以南路段）及至善街，改為繞經寶邑路（近將軍澳廣場）；原設於該段唐俊街的車站（即原寶盈花園總站）永久停用，改設車站於寶邑路「將軍澳廣場」及「寶盈花園」。 將軍澳地鐵站 〈運輸署新界運輸管理部回應西貢區議會交通及運輸委員會二○一四年第五次會議會議記錄及討論事項的跟進情況〉，SKDC文件第200/14號。 新世界第一巴士服務有限公司，〈新巴796A、796S號線合併 701號線延長至海麗邨為永久巴士總站〉［新聞稿］，2005年6月9日。 事後令人關注專營巴士對乘客的安全保障是否不足，立法會交通事務委員會強烈促請政府認真考慮強制規定專營巴士裝設安全帶的建議。
- 香港特別行政區政府，〈運輸署邀請巴士公司申辦天水圍北及將軍澳南新巴士路線〉［新聞公報］，1999年7月19日。
- 有關改動本為臨時安排，來回程班次均牽涉在內，然而往紅磡碼頭方向其後恢復繞經，將軍澳地鐵站方向則變為永久安排。
- 該女性認為自己只是手拖手及與友人跑離車站，而裁判官認為涉案警員有必要就刑毀案件截查友人，並指被告有協助友人擺脫警方，而且毫無悔意，判她監禁三個月。
- 與此同時，港鐵利用剩餘班次客量，加密本綫班次，將本綫繁忙時間之班次編排由”3+1″改為”2+1″，此模式每小時可在康城站加開兩班列車，增加康城－北角一段之載客量，同時寶琳站開出之列車數目將維持在每小時18班。
- 首列增強型列車已於2006年6月12日中午正式投入服務，第2及第3列已分別於2006年9月4日及10月6日投入服務，最後一列列車於2007年2月26日投入服務。
- 將軍澳綫在2009年8月21日，上午8時30分，曾發生信號系統故障，當日中午曾成功修復，但一小時後信號再次故障。
葉事後被控違反防疫規例、誤導警務人員、滋擾公眾及故意阻撓巴士司機四罪，全部罪成，並於2022年4月1日被判監禁八個月但緩刑兩年半，另須就四罪合共罰款八萬元。 2005年5月9日：中午十二時許，一輛往將軍澳站方向的富豪超級奧林比安（50XX）停靠太子道東「景泰街」站時，被一幅因惡劣天氣而塌下的逾50米高棚架壓中巴士車頂，無人受傷。 警方為免再有棚架倒塌，將太子道東東行四條行車線封閉，導致當日太子道一帶交通嚴重擠塞。 2015年：早上繁忙時段往蘇屋方向的平均載客率約為46%，下午繁忙時段往清水灣半島方向的平均載客率約為60%；由清水灣半島往將軍澳市中心全日平均客量為2人。
將軍澳地鐵站: 出口
其中HKiTalk的會員「marioso」及「兜子」便因此上報。 此站是首個設有此類扶手電梯的車站（東涌站另有一條扶手電梯採用省電模式，但其後已取消，而該站後來新建的扶手電梯重新採用省電模式）。 由觀塘綫延綫起，各新建的扶手電梯採用省電模式，成為港鐵新標準。 將軍澳地鐵站 東九龍綫於《鐵路發展策略2014》中首次提出興建，計劃由此站開始，中途經寶達、秀茂坪、順天及彩雲，最後到鑽石山站，成為將軍澳區往來市區的另一路徑。 車站閣樓（U1層）分為南（B出口）、北（A出口）兩部份，是站內大部份商店的所在，設有多條扶手電梯通往月台，兩者之間設有面向貿業路的露台及行人通道，配合多組行人天橋，貫通周遭新都城中心商場各期及叠翠軒。 寶琳站僅設有一個側式月台，是港鐵網絡中僅有三個只有一個客用月台的重鐵車站之一。
新巴隨後曾兩度提出開辦接駁路線705M，但九巴向運輸署表明反對，至今仍未能成功開辦。 路程／登車站收費全程收費$8.2往西貢方向之分段收費香港科技大學起$7.5窩美起$5.7往將軍澳站方向之分段收費大埔仔坳起$5.7半見村起$4.4收費備註12歲以下小童及65歲或以上長者半價優惠；半價後不足一角之餘數亦作一角計算。 的乘客而言，調景嶺站轉車可免卻於將軍澳站乘搭額外一個站將綫車程。 然而此路線繞經寶盈花園與尚德一帶，路程顯得迂迴兼費時，加上班次不算頻密，使客源逐漸流失。 2002年通車後，來往將軍澳各鐵路車站及西貢郊區的接駁服務有潛在需求，遂向政府提出額外開辦一條路線往返將軍澳南及西貢。
將軍澳地鐵站: 列車班次
1998年7月6號，即係香港國際機場啟用嗰日，機場快綫通車，成為香港第一條來回機場至市區嘅鐵路，當時由機場來回中環市區只需23分鐘。 將軍澳地鐵站 「修正早期系統」連接中環至觀塘，喺1975年11月開始動工興建。 路綫其中12.8公里係喺地底起，而其餘嘅2.8公里就係架空路段嚟。
行人可由此站B3出口沿軌道上方經美化的平台，一直步行至將軍澳游泳池及坑口。 客務中心設於車站大堂中央位置，自啟用至今一直由外判商安排客户服務主任當値。 在設計上，客務中心與出入閘機用作分隔車站大堂非付費區及月台。
將軍澳地鐵站: 車站結構
另外列車車頭比行走將軍澳綫長多558 mm 和機場鐵路列車一樣不設目的地顯示屏。 政府於二零二零年初表示，已收到港鐵提交的東九龍線建議書，並正進行評估。 但至二零二一年末，多間傳媒機構均引述消息指，鑑於東九龍線定線坡度大，對落實工程設計有一定的難度，因此傳出相關路線將會縮減服務範圍至彩虹與寶達之間，唯一切需留待有關方面宣布作實。 車站閣樓層、出入口及大堂均設有少量商店供乘客購物，包括便利店與麵包糕餅店等。 此外，大堂也有不少自助服務設施供乘客使用，包括自動櫃員機、自動售賣機、洗手間、育嬰室、自動照相機等，而且部分出入口更與站外商場連接。 為避免遇上人潮，旅客在起程之前，應預早計劃行程及透過不同渠道 (例如電台交通消息及運輸署「香港出行易」流動應用程式)了解最新的交通及公共運輸服務情況。
2009年3月21日，民主黨的一些代表前往港鐵總部請願，抗議此站啟用後大幅削減將軍澳綫來往寶琳列車的班次，惟港鐵事後沒有就此作任何讓步。 目前日出康城第一期首都商場經已投入服務，其他大型購物商場建築工程仍在進行。 港鐵在站內先後引入如涼茶店（2009年5月）、麵包店（2010年5月）及壽司便當店（2012年8月）般的簡便食店，2014年年中再引入日式零食雜貨店及西餅店，亦於2011年在C出口臨時行人通道側興建面積約55,00平方米的臨時超級市場。 號月台：將軍澳綫北角方向（右→左邊車門）→列車通常只使用2號月台，而1號月台為後備月台，除收車外正常不會使用。 1號月台下行方向連接著一段掉頭側線，再連接著鄰近的將軍澳車廠。 此站的接駁巴士上落客點設於寶琳站（貿業路）小巴總站，可用，或依職員指示前往。
將軍澳地鐵站: 車站興建和啟用
新世界第一巴士服務有限公司，〈路線101, 101R, 111, 116, 796X, N121沙中線工程馬頭圍道(北行)巴士站重整〉［乘客通告］，2020年12月11日。 新世界第一巴士服務有限公司，〈新巴九龍專線796X、796M將軍澳總站移至寶盈花園〉［新聞稿］，2001年4月7日。 香港特別行政區政府，〈運輸署邀請巴士公司申辦天水圍北及將軍澳南新巴士路線〉［新聞公報］，1999年7月19日。 12歲以下小童優惠額折半計算；受惠於長者及合資格殘疾人士公共交通票價優惠計劃的乘客則第二程車費為以上第二程優惠車費（如為65歲及以上長者或12歲以下合資格殘疾人士則折半）與$2.0中的較低者，故或有部份轉乘組合變相沒有轉乘優惠。 乘搭港島、九龍市區（包括新巴西九龍專線）或北大嶼山路線轉乘上表城巴、新巴路線而享有轉乘優惠的乘客，在此站轉乘可享連續優惠。 運輸署在1999年7月19日招標將軍澳南及天水圍北新發展區兩組共13條巴士線的經營權，邀請各間現有專營巴士公司入標競投，將軍澳南一組有7條路線。
將軍澳地鐵站: 月台類型
經過差唔多4年嘅工程，修正早期系統嘅北段（石硤尾←→觀塘）喺1979年9月30號完工，並且喺10月1號正式通車。 嗰陣時地鐵淨係用4卡車行，最平嘅票價係港幣1蚊，相對於巴士嘅票價係兩毫子，對一般市民嚟講地鐵的確係一件奢侈品。 1980年2月12號，成個修正早期系統「觀塘至中環段」通車，通車日期比原定嘅提前咗7個星期，成為咗香港第一條過海嘅鐵路。 由於過海乘客嘅龐大需求，地鐵列車就由通車初期嘅4卡加到6卡。 根據港鐵公司提供的資料，將軍澳綫每小時單向設計可載客量（以每平方米站立六人計）是85,000人次。 然而，由於鐵路在實際營運中可載客量受制於不同因素（例如月台幕門及月台閘門令列車在每個車站停留在月台的時間延長了約10秒），因此將軍澳綫最高列車班次下的最高可載客量（以每平方米站立六人計）只達67,500人次。
將軍澳地鐵站: 收費資料
而隨著日出康城的大型商場「The LOHAS 康城」、各個期數的大型住宅項目以及周邊住宅、區內國際學校等社區設施亦陸續落成啟用，使用車站的人流已經逐漸增加。 雖然康城站屬於地面車站，但為了避免列車對附近居民造成噪音滋擾，整個車站被混凝土圍封。 列車由車站開往將軍澳站方向時，會有一段露天路段才進入隧道，但該段露天路段只有數十米左右，並且可從康城路的地面看見，同時亦是將軍澳綫以及整個西貢區的唯一一段露天路軌，情況類同藍田站後備行車隧道。 將軍澳地鐵站 另外，在距離地面較接近的一段路，港鐵亦用鐵絲網圍起，並在有關路段附近的單車徑豎立路牌提醒道路使用者勿進鐵路範圍。
康城站設有一組島式月台，兩個月台並已裝設月台幕門，而車站並不設落客專用月台及調頭隧道，列車到站後會在月台同一時間進行上落客及調頭，而鑑於每日往返康城站的列車班次不頻密關係，故列車無論在任何時段亦只使用一個月台上落客。 香港地鐵列車嘅維修工作，目前由5個車廠負責，分別係九龍灣車廠、荃灣車廠、柴灣車廠、將軍澳車廠同埋小蠔灣車廠。 每個車廠除咗負責為相應行車綫嘅電動車組提供電力之外，亦都有停車設施、洗車設施同埋預防同糾正性嘅維修設施，例如起重同埋頂升設備等等。 為咗配合將軍澳綫通車，地鐵買咗13列由南韓Rotem同埋日本三菱重工株式會社製造嘅列車。 由於每日有大量乘客使用，所以香港地鐵嘅月台都裝有大量嘅扶手電梯，雖然早期由於認為傷殘人士唔適合搭地鐵而冇裝旅客用嘅升降機，但因應機場快綫嘅開通，而家絕大部分車站都最少有一部，以方便攜帶大型行李嘅旅客之餘，同時亦都方便傷殘人士。
將軍澳地鐵站: 車站票務
網民歡呼「將軍澳重見光明」、「好……重見光明，有太陽」、「終於見光」、「正呀……重見天日」、「好似新站咁」、「以後都唔洗咁黑啦」、「成個站都精神晒」、「一天都光晒」、「光猛好多」。 位於地面的港鐵將軍澳站大堂，向南部分原本是一道道晶瑩的落地玻璃，2019年10月全遭破壞被砸得粉碎後，一直圍封逾3年，到今年冬至左右終於「解封」重見天日，明媚的風光再於站內映入眼簾，陽光都悠然地在階磚地板上爬格子。 屋苑自設住客會所及平台花園，設施同樣包羅萬有，提供健身室、羽毛球場、籃球場、網球場、游泳池、兒童嬉水池、兒童遊樂場、桌球室及宴會廳等。