據港鐵提交立法會鐵路事宜小組委員會的文件，在全綫共131個超標的沉降監測點中，在36個位於土瓜灣站的監測點錄得沉降超標，一半涉及附近樓宇，受影響樓宇共有14座，最嚴重的一座港鐵錄得實際沉降約40.4毫米。 2018年8月8日，有傳媒揭發2017年中港鐵撰寫的顧問內部報告，指出土瓜灣站附近出現大沉降。 引發多達23幢周邊樓宇及地下喉管沉降超出容許上限，當中有7個位置超標；另有3處喉管沉降超標，但港鐵未有通知煤氣公司。 不過港鐵及承建商未有按機制停工並繼續工程，而且沒有通報受影響居民。 港鐵更向屋宇署申請放寬至少10幢大廈的沉降容許上限，其中馬頭圍道324號的唐樓放寬比率更高達4成。 而路政署與港鐵在2017年已得悉沉降問題，但並無對外公佈。
港鐵聽取了地區人士對走綫的關注後，已再度審視區內不同走綫方案的可行性，包括沿炮仗街、譚公道、下鄉道及麟祥街走綫的建議，確定上述街道的路面闊度都不足以容納鐵路車站，倘須興建車站，便須收回私人土地及拆卸在路面兩旁大量現有樓宇。 至於有居民建議沿九龍城道設置「中間走綫」的方案，此建議將受東九龍走廊橋躉及啟德隧道等現有道路建設所限制，亦未有合適的位置興建鐵路隧道及車站。 在2009年沙中綫九龍城段諮詢方案中，港鐵公司建議走綫由啟德新發展區的啟德站開始，經馬頭涌道和馬頭圍道，在馬頭涌道以東及馬頭圍道以南，分別設置土瓜灣站和馬頭圍站。 建議修訂後的走綫，可以服務更多土瓜灣、九龍城及啟德新發展區的人口，讓區內大部分的住宅、學校和工商業區，都位處車站出入口附近500米的步行範圍之內。 所有合資格學生使用「學生身分」個人八達通，可於港鐵本地服務（包括輕鐵及港鐵巴士（新界西北））全綫享有特惠車費，但不包括機場快綫、港鐵接駁巴士、往返羅湖站或落馬洲站的車程及東鐵綫頭等額外費。
土瓜灣 mtr: 鐵路走綫
路程／登車站收費全程收費$8.9往尖沙咀方向之分段收費采頤花園起$5.5往將軍澳方向之分段收費將軍澳隧道巴士轉乘站$7.4調景嶺站起$4.1收費備註12歲以下小童及65歲或以上長者半價優惠；半價後不足一角之餘數亦作一角計算。 土瓜灣 mtr 免費轉車安排：於葵富路（葵涌廣場）起登車之乘客如需乘車前往土瓜灣方向沿途各站，可於非下午繁忙時間免費乘坐荃灣方向班次至荃灣（川龍街）或荃灣街市街（荃灣街市），或可於下午繁忙時間免費乘坐荃灣方向班次至禾塘咀街（葵涌邨百葵樓），然後轉乘土瓜灣方向小巴並繳付車資。 除了是夜晚跑步及放狗的好地方外，亦是不少電視劇的常見取景勝地。 土瓜灣 mtr 確頭設有大型巴士總站，提供多條不同路線的巴士往返全港各區外，更提供一條往返北角的新渡輪航線，約每半小時一班船，可以輕鬆吹著海風前往港島區，早前紅隧一度封閉時，渡輪就成為區內居民過海的便利之選。
鄰近的馬頭角碼頭因為中九龍幹線工程而暫時拆卸，將來會在原址重建。 乘客亦可使用AlipayHK「易乘碼」、支付寶或雲閃付「乘車碼」、具有感應式支付功能的VISA、Mastercard及銀聯卡，以及Apple Pay、Google Pay及Samsung 土瓜灣 mtr Pay流動支付平台繳付車資。 乘客使用上述付款方式，將只可享有與其他城巴／新巴獨營路線或聯營線城巴／新巴班次之轉乘優惠，亦不能享有「公共交通費用補貼」及「長者及合資格殘疾人士乘車優惠計劃」。 2021年5月1日：配合將軍澳隧道巴士轉乘站（往九龍方向）啟用，往尖沙咀（東）方向增停該站，並增設與停靠該站各城巴及新巴獨營路線之間的八達通轉乘優惠。
土瓜灣 mtr: 路線全長
當中最為街坊不捨的是有20年歷史被稱為「街坊食堂」 的潮汕美食。 2006年市建局發言人表示，市區重建局前身土地發展公司曾於1998年宣佈的25個重建項目，列為5年內優先執行，不過該25個項目並不包括土瓜灣北部十三街。 2009年，隨着啟德發展工程動工，多個政黨要求重新啟動重建計劃，但市建局表示已進行了多項復修計劃，至於會否重建暫時言之尚早。 據知收購十三街共2000多個單位成本逾100億元，但該處地積比率僅6倍，重建新樓面積與現時相若，利潤不高。 不過到1984年土瓜灣街市落成後，政府其後將橫街規劃成死胡同，人流開始大減。 擬建的凹頭站選址將配合地區整體的人口分佈及增長、現有及未來的土地規劃和房屋發展機遇，為現有及未來的社區提供更完善的交通基建網絡，提升區內與周邊地區的交通連接。
2022年1月3日，隨上述車費優惠結束，港鐵在欣榮商場設置適用於此站及宋皇臺站的港鐵特惠站，為使用成人八達通的乘客提供港幣2元車費優惠。 由於車站設置於繁忙的馬頭圍道地底，兩旁樓宇非常密集，因此興建車站的施工空間十分有限，故車站須採用側疊形式興建兩個月台。 但每層月台仍然各有約8米的寬度，候車空間亦較何文田站觀塘綫月台寬敞。 當中上層月台為1號月台（往屯門）；而下層月台則為2號月台（往烏溪沙），而列車並藉着該設計進行軌道疊落交換。 另外月台牆身焗漆板亦印有前地鐵公司退休建築師區傑棠所書寫的站名書法大字。 車站大堂設有智能客務中心，並設多個輕觸式屏幕，可供乘客查詢行程及車站資訊。
土瓜灣 mtr: 車站歷史
乘客亦可透過多元化電子支付系統（e度嘟）繳付車資，包括使用非接觸式VISA卡、JCB卡、萬事達卡、銀聯卡、Apple Pay、Google Pay、Samsung Pay、AlipayHK「易乘碼」及銀聯雲閃付「乘車碼」。 乘客使用此付款方式，使用此支付方式的乘客可享有中途下車之分段收費，以及與其他九巴／龍運獨營路線或聯營線九巴／龍運班次之轉乘優惠，惟不適用於與非九巴／龍運路線之轉乘優惠，亦不能享有「公共交通費用補貼計劃」及「長者及合資格殘疾人士公共交通票價優惠計劃」。 鑒於將軍澳工業邨（及往日的日出康城）總站位置偏僻，交通不便，絕大部分字軌皆安排車長於調景嶺站（過往為將軍澳站）進行接更或用膳的程序。 車長駕駛下班或用膳前最後一程將軍澳方向的此路線巴士，返抵將軍澳工業邨後仍須駕駛巴士行走往市區方向班次，沿途載客直至抵達調景嶺站，才由另一車長接續駕駛。 故此，往尖沙咀方向部分班次或須於調景嶺站稍作停留，以便車長交接，期間乘客可留在車上。
擬建的牛潭尾站將設於《牛潭尾地區的土地用途檢討 – 可行性研究》的研究範圍之內，以配合相關研究並滿足該區未來整體發展的交通需要。 北環綫項目是《鐵路發展策略2014》中建議的七個鐵路方案之一。 北環綫項目包括在東鐵綫上建造古洞站，以及在古洞站與錦上路站之間興建北環綫，連接東鐵綫及屯馬綫，並於新田、牛潭尾及凹頭興建三個中途站。
土瓜灣 mtr: 服務時間及班次
新世界第一巴士服務有限公司，〈新巴開辦796E號線 796系列路線新服務安排〉［新聞稿］，2017年9月22日。 2018年8月14日：晚上十一時許，一輛往將軍澳工業邨方向的Enviro500 MMC（4041／SK6779）與一輛私家車於將軍澳隧道相撞，私家車司機受傷。 來回程不再繞經寶盈花園外的一段唐俊街及至善街，改為繞經近將軍澳廣場一段寶邑路；原設於唐俊街的中途站（即原寶盈花園總站）永久停用，改停寶邑路「將軍澳廣場」及「寶盈花園」兩站。
牛棚藝術村前身是建於1908年的「馬頭角牲畜檢疫站」，即是牛隻的中央屠宰中心，營運了近一個世紀直至1999年8月。 之後就改建並分拆成多個單位租給本地藝術工作者和藝術團體做工作室，慢慢演變成牛棚藝術村。 九龍巴士、新世界第一巴士、城巴、龍運巴士及陽光巴士全職員工及家屬（不包括外判職員）可免費乘搭本路線，惟必須拍職員或職員家屬八達通。 持有「九巴月票」之乘客在車票有效期內，每日可享最多10程任何九龍巴士路線（包括本路線，以及聯營過海線的九龍巴士提供的班次）；而B1線及B9線則分別每日可享最多各2程（不會計算每天10次合資格車程）。 新世界第一巴士服務有限公司，〈新巴796X號線提早由將軍澳工業邨開出〉［新聞稿］，2018年11月8日。 城巴有限公司、新世界第一巴士服務有限公司，〈新巴城巴擴展實時抵站時間服務至130條路線 服務預計於2018年第三季內覆蓋所有專營路線〉［新聞稿］，2018年2月12日。
土瓜灣 mtr: 時間表
土瓜灣段沿馬頭圍道而建，多個巴士站受工程影響，於2012年12月2日起臨時重組，最初預計2014年中竣工後恢復原有站位，實際至今仍未恢復。 2022年4月12日：晚上七時許，一輛往土瓜灣（譚公道）的豐田Coaster（UJ7768）於常盛街往天光道方向近華英中學對開斑馬線時疑沒有收掣，撞倒一名過路男途人，他重創昏迷，被送往廣華醫院搶救後，證實不治。 這座紅磚歷史建築昔日為戰前屠宰場，政府於2001年將屠宰場活化成藝術村，並重置北角油街藝術村的本地藝術家，改名牛棚藝術村。 現時牛棚藝術村被列為二級歷史建築，有多個藝術工作者及藝術團體進駐，包括1A空間、錄影太奇、前進進等，不時舉行各種展覽及工作坊舉辦，是土瓜灣的地標之一，不少人都會專登到來影相打卡，感受濃濃的文藝氣息。
擬建的古洞站將位於未來古洞北新發展區的市中心，方便現有社區及新發展區的居民出行，亦有助釋放周邊地區的發展潛力。 〈新巴/ 城巴回覆：回應西貢區議會交通及運輸委員會西貢區巴士路線工作小組二○一五年第二次會議的跟進事項〉，SKDC文件第6/15號，2015年6月17日。 〈查詢新巴巴士路線796X脫班問題〉，西貢區議會交通及運輸委員會文件第200/20號，2020年6月29日。
土瓜灣 mtr: 班次
2018年6月12日，港鐵被揭發於車站連接月台及大堂的扶手電梯與樓梯之間的分隔牆疑未依照圖則進行，結構牆兩層鋼筋的其中一層被剪走，全幅牆身大約高20至30米，但港鐵的監工未有上報。 而路政署於同月5日知悉事件後，於同日及同月7日要求港鐵公司就有關事件提供相關資料。 不過港鐵回覆並未提供包括問題牆身的範圍、導致事故的原因、工程監管的情況及對結構的影響等資料。