由於該兩條巴士路線分別直達旺角及深水埗，因此吸引乘客改用九廣西鐵經本站進出市區，使本站人流大幅上升。 由於此站位置偏離原有的發展地帶，而鄰近的大多為住宅區，所以自開幕以來均倚靠接駁交通前往各區。 雖然本站曾經設有免費接駁巴士K16號前往尖東站及轉乘九廣東鐵(現稱東鐵線)，但九廣西鐵車費高昂，甚少乘客使用本站轉車，導致初期人流稀疏。 大廳近B出入口設有香港郵政郵箱方便乘客在車站內投寄郵件。
港鐵免費接駁巴士只於鐵路事故期間提供服務，詳情可留意港鐵公布，或站內告示。 如欲查閱此站附近前往各港鐵車站的公共交通工具資料，可參考「乘車應變錦囊」，或瀏覽運輸署網頁。 南昌站是屯馬綫及東涌綫的中途站，乘客可在此站乘搭屯馬綫列車，往返屯門、元朗、荃灣、九龍西部、九龍中部、城門河東部及馬鞍山新市鎮等地，或乘搭東涌綫列車，往返大嶼山、青衣、九龍西部及港島北岸等地。 南昌站去西九龍中心 自啟用至兩鐵合併，南昌站車站大堂分為地鐵及九鐵各自管轄範圍，在收費區兩端各自設有地鐵客務中心及九鐵票務處／補票處，九鐵區域並設置若干商店及男女洗手間方便乘客。 兩鐵收費區接壤處設有柵欄分隔，並設有四組共36部轉綫閘機，只需乘客拍卡一次即可同步處理地鐵及西鐵出閘及入閘之手續，反之亦然，為香港唯一設有轉綫閘機的車站。 南昌站大堂位於地庫層，全長360米，設計上一併提供地鐵及九鐵的站務設施，收費區設於大堂中央，而兩端分別設有客務中心、票務設施、商店及出口。
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九龍站與柯士甸站並非為東湧線或機場快線與屯馬線正式的轉車站，乘客若在兩站間轉乘，無論使用八達通還是單程車票，均需當作兩段車程處理，並繳納再入閘收費，乘客須於本站轉乘，才能享有兩鐵合併後之票價調減。 香港西九龍站設立有大型的地面文化及娛樂集合式的廣場，方便乘客接通至地面樓層、九龍站、柯士甸站及西九文化區，提供充裕的公共休憩空間及舒適的綠化步行環境。 廣場共分三部分，分别为天空走廊觀景台、巴士總站天台花園和香港西九龍站公共休憩空間，面積約為8,900平方米。 綠化地帶種植大量植物，將人流與車流分隔，連接至綠化步行區、綠化平台及樹林公園，與西九文化區互相融合。 綠化空間設有噴泉，亦會有樓梯連接L2層天空走廊和觀景台。 其中巴士總站天台花園和西九龍站公共休憩空間是香港少数允许宠物进入的公园。
2023年1月西九龍站恢复运营后，全面實施電子車票，市民在12306網站購票後可以憑證件乘車，同时原有的港鐵售票網站則不會再售票。 持有中國居民身份證的乘客只需拍卡及作人臉識別即可入閘；而持有回鄉證、台胞證或護照的乘客則需在入閘時把證件放進讀卡器並作人臉識別。 《明報》指出港鐵記者會公布電子車票安排時，並沒有提及公告內容。 香港西九龍站的停車場位于B2层西南侧，分為A、B、C及D四個泊車區，总共提供約500個車位。 泊車標準收費每小時32元，亦設日泊收費，但車主需證明自己購買高鐵車票才能泊車，以確保曾使用高鐵出入內地。
南昌站去西九龍中心: 南昌站車站月台
至於九廣西鐵第一期（屯門至南昌）則於12月20日正式通車。 在九廣西鐵早期的規劃時，此站稱為「欽州街站」（Yen Chow Street Station），是西鐵第一期在九龍市區的總站；隨後因應車站地處南昌邨以西，最終定名為南昌站。 車票二維碼（下稱「二維碼」）成人（12-64歲，包括學生及殘疾人士）車費與成人八達通相同；二維碼特惠車費（小童及長者）則與小童八達通相同。 2010年，有市民發現南昌站大堂收費區內近洗手間和東涌綫轉綫通道設置了兩部自動飲料售賣機（俗稱「汽水機」），售賣的飲料冷熱俱全，疑鼓勵乘客即場飲用，有引導乘客誤墮法網之嫌。 在2008年閘區合併後，港鐵拆除轉綫閘機，並且將大堂每邊的兩個客務中心（即原本的地鐵客務中心以及九鐵票務處／補票處）合而為一，關閉其中一個櫃位。 乘搭900線往港島方向轉乘其他路線／由其他路線轉乘900線往白石角並不設優惠；由38B線轉乘900線往港島方向／乘搭900線往白石角轉乘38B、271X、272P、287D線亦沒有優惠。
九龍巴士（一九三三）有限公司，〈九巴286C線加強服務 全日特快來往馬鞍山及長沙灣〉［新聞稿］，2020年3月25日。 九龍巴士（一九三三）有限公司，〈100條九巴及龍運路線增設巴士到站時間預報系統〉［新聞稿］，2015年3月19日。 乘客需使用同一張八達通卡／信用卡或同一流動支付工具帳戶（九巴／龍運「e度嘟」電子支付系統）享用轉乘優惠。 乘客需使用同一張八達通卡／信用卡或同一流動支付工具帳戶（九巴／龍運「e度嘟」電子支付系統）享用上述轉乘優惠。 往利安方向，經深旺道、興華街西、連翔道、東京街西、深旺道、欽州街西、欽州街，返回長沙灣道及原有路線：取消長沙灣道「深水埗北河街」站，並新增深旺道「富昌邨」、欽州街西「南昌邨」、欽州街「深水埗醫局街」及「深水埗（欽州街）」站。
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您亦可以在柯士甸站 B4 南昌站去西九龍中心 或 B5出口經ELEMENTS圓方前往西九文化區。 2007年12月2號，由於兩鐵合併，南昌站統一由港鐵管理，九廣西鐵改名為西鐵線。 由當日起，乘客利用八達通轉乘西鐵線或東湧線轉車，可減免轉車費用。 此站位於香港西九龍填海區，屬深水埗區；近深旺道、欽州街同東京街西。
因鄰近公共屋邨南昌邨而得名，但最接近此站的公共屋邨卻是富昌邨。 兩鐵合併2007年12月2號，由於兩鐵合併，南昌站統一由港鐵管理，九廣西鐵改名為西鐵綫。 下午約3時，一名自稱在車站B2層工作的男職員，以戴口罩、連帽和黑色外套的服飾進入車站後，展示「香港撐住」的海報。 大批港鐵職員及警員大為緊張，警員把他帶到B2層洗手間門口進行搜身。
南昌站去西九龍中心: 月台類型
經深水埗區議會爭取後，由2011年8月20日起，此路線再度改為循環運作，往又一村方向恢復途經長沙灣道及東京街，令青山道一帶乘客可以一程返回西九龍新區而無需步行往欽州街黃金商場登車，惟須繞經石硤尾及又一城。 為配合路線延長，新巴由701線抽調一輛巴士予此路線，兩線班次亦略為調整；同時796C線增設雙向分段收費，以彌補此路線改道後，原有長沙灣一帶的服務。 1996年尾，行政局正式將西鐵興建權批畀九廣鐵路公司。 主權移交後，喺香港特區政府大力推動基建嘅政策下，經走線重組同埋處理財務安排，政府終於喺1998年正式授權九鐵公司起西鐵。
- 民間人權陣線發起10月20日在九龍區遊行，路線由尖沙咀梳士巴利花園至高鐵西九龍站，民陣于10月14日向警方「入紙」申請遊行，惟警方于游行前两日（10月18日）發反對通知書，随后民陣提出上訴後被駁回。
- 另外，此站是眾多鐵路車站中唯一在收費區內設增值機的車站。
- 而原本只作為落客用途的2號月台也成為前往紅磡站（現隨著屯馬綫全面開通延伸至烏溪沙站）的月台。
- 2023年1月15日，香港西九龍站恢复运营，首班到达列车G5607次由深圳北站始发，于7點42分到達，文化體育及旅遊局局長楊潤雄及港鐵高層到場迎接，并为到达旅客赠送港鐵及旅發局的禮品。
- 往紅磡方向車程將於西九龍高鐵站東面與柯士甸站之間的新道路匯民道增設中途站；往新界西方向車程則於佐敦道西行增設中途站。
前往香港西九龍站乘搭高速鐵路的過境旅客必須持有有效的旅遊證件。 2019年9月22日下午，有示威者由港鐵南昌站V Walk商場去到圓方，高峰時期有近500人參與。 到當日傍晚6時許，當大批市民聚集在圓方連接九龍站的C出口時，九龍站大堂有約50名軍裝警員戒備，一度舉起黃旗警告。 其後警員警告在場示威者正進行非法集結，並用強光照向上方的市民，要求聚集人士離開。 直到晚上6時30分左右，有數十名警員奔往通往圓方的出入口，商場內的示威者散去，而警員亦很快回到車站大堂戒備。 港鐵在當晚約6時33分宣布關閉九龍站，直到當晚約11時03分重開。
南昌站去西九龍中心: 香港去廣州｜01 高速鐵路（高鐵）
2018年8月23日，香港特区政府公佈，高鐵通車初期每日將有83至127對列車，來往內地44個站點，票價由78元至逾千元不等。 平日的周一至周四有70對車來往廣東省6個短途站（福田、深圳北、虎門、廣州南、光明城及慶盛），假日高峰期可增至114對車，約10至30分鐘一班車；而往北京、上海等城市長途站點每天只開1班。 政府在2009年的高鐵文件中提出可以直達內地16個城市，但至2017年文件指出可直達城市減至10個。 2017年11月的立法會文件顯示，西九龍站始發的列車不會直達西安、成都、南京、重慶、昆明和南寧，至此直達城市為10個，政府文件指乘客可以在內地轉車到達。 現時在内地口岸区连接车站WiFi可直接免费上网，服務由香港網絡供應商提供，無需提供实名登記電話號碼或微信账号。 南昌站去西九龍中心 政府作為九鐵公司的唯一股東，日後九鐵公司派發股息時，政府可因九鐵公司從港鐵公司收取服務經營費而間接得益。
702線角色自此轉型，主要接載西九龍新區居民往返深水埗。 座落西九龍新區的海麗邨於2005年初陸續入伙，此路線在新區的總站亦於5月9日起遷至海麗邨。 當時新巴安排四輛巴士行走此路線，繁忙時間每12分鐘一班，非繁忙時間則為15分鐘一班，同時增設與796C、970及970X線的八達通轉乘優惠。 海麗邨入伙初期缺乏其他公共交通服務，令此路線客量穩步上揚。 新巴同時大幅修改兩條路線的行車路線，此路線改以深盛路為總站，不再途經蘇屋，並加密班次。 為減低路線不再途經蘇屋邨後對學生帶來的影響，新巴於9月1日新增學校特別路線702S，直接往返蘇屋邨及西九龍新區，只在學校上課日的上課及下課時間提供服務。
南昌站去西九龍中心: 車站周邊
此站在規劃期間曾經叫做欽州街站（英文：Yen Chow Street Station）。 随后，政府于2023年1月11日宣布高铁香港段将由当月15日起恢复服务，初期將會開行前往廣州、深圳等地的短途列車，另外亦将開行由廣州東站始發，并新增加东莞南站及東莞站的列车。 车票于1月12日中午12時正式發售，乘客可於12306網站、指定旅行社購票，但過往原有的港鐵售票網站則不會再售票。 2020年1月28日，因應2019冠狀病毒病香港疫情惡化，政府公佈於1月30日凌晨封站措施。
附近的西九龍站巴士總站和九龍站公共交通交匯處亦有巴士及小巴路綫前往不同地區。 九龍南綫於2009年8月16日通車，西鐵綫延伸至紅磡，南昌站之總站地位告終。 當日起，連結南昌站與尖東站的港鐵接駁巴士K16綫取消與港鐵市區綫列車之轉乘優惠，並於9月19日永久停辦。 合併初期，南昌站收費區中央的轉綫閘機仍未拆除，乘客在東涌綫與西鐵綫之間轉車時必須如合併前般經過轉綫閘機，方獲豁免再入閘費，若先出閘前往非付費區再重新入閘會被視作兩程獨立車程，不能享有車費優惠。 港鐵當時重申，已於南昌站付款區內的閘機前張貼相關告示，提醒乘客必須經過設於付款區內的轉線閘機轉乘東涌綫或西鐵綫，才可享有再入閘費減免優惠。 南昌站去西九龍中心 所有合資格學生使用「學生身分」個人八達通，可於港鐵本地服務（包括輕鐵及港鐵巴士（新界西北））全綫享有特惠車費，但不包括機場快綫、港鐵接駁巴士、往返羅湖站或落馬洲站的車程及東鐵綫頭等額外費。
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其佔地11公頃，耗資122億3千萬港元興建，樓面總面積達43萬平方公尺。 站內設有內地口岸區，由中國內地派駐執法人員執行中國內地法律，實施一地兩檢。 1970年發表的《集體運輸計劃總報告書》報告中，此站為荃灣支綫的中途站。 荃灣支綫列車離開此站旺角方向月台（相等於現時2號月台）後，會轉為港九綫前往遮打（即現時的中環）。 深水埗站是荃灣綫的中途站，乘客可在此站乘搭荃灣方向或中環方向的列車，往返荃灣、葵涌、九龍西部、九龍中部及港島北岸等地。 西九高鐵站佔地約 11 公頃，總建築樓面面積達 40 萬平方米，香港特區政府聲稱，以此計算是「世界最大地底鐵路站」。
- 而車站亦已預先建造了部分供上蓋物業發展支承的地基（部分樁柱由於與廣深港高速鐵路隧道抵觸，由港鐵負責將相關樁柱改建）。
- 港鐵派代表到場接信，多名防暴警員在西九站對面的戲曲中心和柯士甸站戒備。
- 由於該兩條巴士路線分別直達旺角及深水埗，因此吸引乘客改用九廣西鐵經該站進出市區，故使用南昌站的乘客大幅上升。
- 港鐵次日回應指收集聲明寫得不清晰，乘客在车站香港口岸区和在香港范围的高铁列车上使用WiFi服务时会受到香港法律管辖，稱相关资料不会转交给内地。
- 高铁客流估算于2018年9月通车前修改为平日72,500人次、周五至周日為78,100人次、高峰期90,100人次。
後來學校復課，四小龍亦相繼入伙，客量始逐漸改善，新巴改派丹尼士三叉戟10.3米（33XX）行駛。
南昌站去西九龍中心: 車站藝術
港鐵提供城際直通車，又稱為廣九直通車，連接香港（紅磡站）和廣州（廣州東站），鐵路全長183公里，從香港出發至廣州，全程需約2小時。 座位寬敞舒適，車上更是有免費的上網和充電服務，曾是香港去廣州的主要途徑。 香港西九龍站巴士總站旁亦設有30個設有收費錶的非專營巴士泊車位供停泊之用。 由於匯民道非專營巴士上落客區不准停車等候，非專營巴士可使用上述泊車位短暫停泊。 市區的士可前往香港各區（東涌道及南大嶼山的道路除外）。 旅客如需乘搭市區的士，可按指示標誌前往站內B2層的市區的士上客區候車，落客區則設於站內B1層。
南昌站去西九龍中心: 車站日常管理服務
2019年10月6日起，因反修例運動，港鐵將站外屬公共空間的「綠化空間」近一半範圍用水馬及鐵欄等圍封，並派駐大批保安員駐守，而「天空走廊」及觀景台也封閉，有關安排違反與政府簽訂的契據條款。 南昌站去西九龍中心 地政總署曾於2020年1月6日派員到西九龍站視察，發現公眾休憩用地及公眾通道被鐵欄圍封，要求港鐵交代。 港鐵表示因安全考慮，同警方協商後而決定封閉上述範圍，其後於1月15日重新對外開放，而天空走廊及觀景台有軍裝警員巡邏。 2017年7月，私人屋苑漾日居有住戶投訴西九龍站的玻璃天幕反射太陽光至單位內，在正午12時至下午1時半反光最為強烈。 屋苑業主立案法團曾去信環境保護署及港鐵反映，但對方未有正視問題。 區議員批評政府相關部門監管不力，並提出動議，強烈譴責港鐵忽視問題，亦未有採取任何補救措施。