九鐵進行紅磡站改善工程，以便騰出足夠空間讓東鐵延伸，以連接支線的鐵路隧道。 為應付直通車班次提升帶來的額外客流，九鐵在紅磡車站大堂開設「市際直通車客務中心」（後易名「城際直通車客務中心」），於1999年6月28日由東鐵客運總經理李殷泰揭幕。 所有合資格學生使用「學生身分」個人八達通，可於港鐵本地服務（包括輕鐵及港鐵巴士（新界西北））全綫享有特惠車費，但不包括機場快綫、港鐵接駁巴士、往返羅湖站或落馬洲站的車程及東鐵綫頭等額外費。 如乘客使用之八達通或二維碼有登記乘坐頭等的記錄，但八達通或二維碼程式所顯示的進入及離開的車站均不屬於東鐵綫的車站，亦其須支付頭等額外費則相等於東鐵綫車程的最低額八達通或二維碼車費（過海車程的頭等額外費會以金鐘站/會展站為計算基礎）。 「城際直通車離境大堂」（Intercity Through Train Departure Hall）位於暢運道平台層，由車站東面原有部份和1998年3月落成的西面擴建部份組成。 其中擴建部份出自享譽全球的英國建築師霍朗明勳爵（Sir Norman Foster）手筆，運用玻璃幕牆為主體，輔以波浪形天花採波浪形設計。
位於羅湖的編組站可調度及容納約180個貨卡，由該處發往不同目的站。 紅磡貨場 貨場配備了40噸樓底式集裝箱吊機、叉式鏟車、40噸前置式集裝箱吊機、冷凍櫃充電設備、貨物儲倉、集裝箱堆場，還建有12個躉船停泊位，方便提供貫通海、陸的貨物聯運服務。 自2010年6月15日港鐵停止貨運服務後，羅湖編組站現時就只用作停放機車和東鐵綫載客列車。
紅磡貨場: 貨運
由於工程在現有大堂之下興建，不能超過7米的高度限制，故須採用特製建築機器施工。 雖然紅磡站鄰近尖沙咀站與佐敦站，同時亦屬於油尖旺區，但票價卻存有顯著差異，亦有短程票價比長程昂貴之情況出現。 如從前地鐵綫較遠之車站出發前往紅磡站，會被收取最高港幣3.5元（單程票）／2.9元（八達通）之差價。 2020年1月28日，因應2019冠狀病毒病疫情，時任行政長官林鄭月娥宣布須大幅縮減兩地交通，並由同月30日凌晨起暫停紅磡站口岸服務，自當日起城際直通車服務亦會暫停，直至另行通知為止。 都會軒地處紅磡站和紅磡灣發展區之間，在香港區議會和規劃署的地圖皆顯示，紅樂道及建灣街以西地方皆屬油尖旺區，都會軒和附近的海韻軒、海灣軒處於二街的西面，所以屬於油尖旺區議會「尖東及京士柏」選區。
商場被一個五層高的透明玻璃盒子所包圍，突出了行人通道，並為國際都會這個綜合建築創造了一個引人注目的入口。 到了晚上，其精心佈置的燈飾和透明立面使其像燈籠一樣在維多利亞港海傍閃耀，內裡的活動也可被看到，吸引著行人和駕駛者。 商場頂的園景花園也為這座香港第一代迷你城市提供了綠化景觀。 國際都會由五層高的平台、商場和停車場、辦公大樓、擁有690 間客房的酒店（都會海逸酒店）和兩座服務式住宅大樓（都會軒）組成。 與海旁地區距離最近的地鐵站是地下鐵港島線的炮台山站和天后站，分別與海旁地區相距300至400米。 擬建的中環 – 灣仔繞道對於行人會造成某程度的心理障礙，令他們未必樂意由銅鑼灣的主要購物和酒店區，以及維多利亞公園前往海旁地區。
紅磡貨場: 港鐵鐵路貨場羅湖編組站
博物館透過常設展覽館及專題展覽館的多元化展覽及節目，讓參觀者在欣賞文物之餘，還可以參與其中活動，寓學習於消閒。 紅磡貨場 博物館亦出版季度博物館通訊、製作教學資源冊及工作紙，同時也舉辦相關講座、學校節目、親子/兒童活動、劇院節目和導賞服務等，鼓勵不同社群學校參與博物館活動。 香港鐵路博物館、三棟屋博物館及上窰民俗文物館是香港文化博物館的分館。.
事件期間，由於有人士把雜物拋進東鐵線鐵路範圍內，阻礙列車前進，故此該列車一度只能停在粉嶺和上水之間，後成功突破包圍圈返回內地。 提供免費車上刊物《直通車》，以繁體中文印刷，由港鐵公司及廣深鐵路股份授權新華通訊社香港分社附屬公司出版。 2016年5月14日9時01分，由廣州東站開往紅磡站方向去的Z801次列車在接近常平站時，由於韶山8型0192號機車突然斷電，停靠在了常平站上行咽喉區，無法進入常平站。 為防止偷渡等非法出入境事件發生和維護旅客安全，中國邊檢東莞邊防檢查站常平分站“處突尖刀分隊”在列車車頭、車廂兩側、車尾都部署了警力，開展監護工作。 2012年7月16日起，由於紅磡貨場永久停用，所有在港過夜的廣九直通車，均改於港鐵何東樓車廠北廠近馬場站泊位停泊。 到1997年香港迴歸中國時廣九直通車每天開行6對，年載客量148萬。
紅磡貨場: 都會道
第一批48名直通車列車員，是從廣州鐵路局3000多名列車員中挑選出來的，而且條件非常嚴格，並要通過政治檢查，且每位乘務員不得有收小費、紅包的行為。 廣九車隊先後獲得全國五一巾幗標兵崗、全國三八紅旗先進集體、全國新長征突擊隊、全國青年文明號等榮譽。 1906年7月，位於香港境內（時為英國殖民地）的九廣鐵路英段動工，位於中國境內（時為清朝政府統治）的九廣鐵路華段亦隨後於1907年8月11日動工，以連接香港與廣東省城廣州。
當局應提供行人通道，把節慶墟與中環內陸地區尤其是附近的大會堂和橫向建築的行人平台/商場連接一起。 當局已為以下五個地點擬備行動區規劃圖：中環填海區西部、紅磡填海區、鰂魚涌海旁、上環公園和銅鑼灣海旁。 挑選準則包括需要改善的迫切性、相關發展項目的進度、有否可供發展的用地，以及發展時間表等因素。 歷時40天的11號橋重建工程在同年10月4日完成，火車服務隨即恢復正常，大圍臨時車站遂被撤消，貨運列車恢復南下。
紅磡貨場: 車站歷史
火炭貨場位於火炭站1號月台旁，使用量偏低，以往只有運載危險品的貨卡（由中國內地抵港之石油罐車班次，目前已經終止）或抵港訪問的內地健康快車使用。 由於路軌設計缺陷，貨場僅連接北行路軌，貨運列車進入火炭貨場時有特定路線需要跟從。 旺角貨場，位於東鐵綫旺角東站側（新世紀廣場地庫樓層），曾改為嘉士伯（香港）物流中心。 紅磡酒店和地圖，香港香港各區域地圖，購物中心,火車站,醫院及其他場所的位置。 擁有絕佳的地理位置，紅磡 是一個在 香港 您必須去的地點。
呢個藝術品由三組作品組成，其中兩組放喺月台；一組大型裝置計劃放喺大堂。 透過將唔同年代同種類嘅行李同物件創作成雕塑及玻璃圖案，展現車站入面旅客唔同嘅失物。 藝術家指藝術品經歷七年先至完成，並透露曾經因為社會經歷唔少事件，曾經諗過放棄繼續創作。 不過呢個藝術品令網民熱議，令人聯想2019年元朗襲擊事件同太子站襲擊事件不安場面。 沙田至中環綫起嗰陣，紅磡站重建咗兩層島式月台喺紅磡貨場地底（即而家紅磡站以東位置）。
紅磡貨場: 港鐵貨場 本文重定向自 港鐵貨場
在考慮現有車廠的位置、其發車方向及與屯馬綫車站的距離後，確定有需要在市區設置列車停放處。 此車廠為廣深港高速鐵路香港段的設施提供基本及緊急檢修，及支援停放列車之用；至於大修及定修，則分別由中車四方，以及名義配屬的廣州南動車所擔當（後者由港鐵外站員工負責，而非廣州局集團員工），與國鐵列車維修安排看齊。 紅磡貨場 車廠可容納40多輛港鐵列車，為列車提供停車、測試、洗車、預防及糾正性維修設施，包括更換重型設備時用的起重及頂升設備。 紅磡貨場 荃灣車廠內設有港鐵員工康體中心，供港鐵職員作消閒聯誼之用。
- 項目整合了尖沙咀和紅磡之間的人流和車流，連接了三種不同的本地交通工具巴士、鐵路和的士，也是往來中國內地的重要鐵路樞紐。
- 由於政府計劃把該處，連同國際郵件中心，一併重新發展為酒店、商舖及海濱長廊，故此於2007年9月22日下午，當Kai Fong途經紅磡繞道時，便把九鐵(即今港鐵)紅磡貨場的繁忙景象，用DC記錄下來，作為歷史見證。
- 港鐵原定把東鐵綫與西鐵綫月台撥歸城際直通車使用，但考慮到高鐵通車後，城際直通車需求將會下降，加上紅磡貨場改建為屯馬綫紅磡列車停放處，令東鐵綫列車無處容身。
- 該車廠沒有維修設施，所有港鐵巴士（西北）日常維修由屯門車廠負責。
- 中華人民共和國成立後，中國大陸曾與香港政府幾次商議恢復直通車服務，雖然中華人民共和國對恢復直通車持正面態度，國務院總理周恩來也曾於1950年代初提出希望兩地直通火車恢復運行，但因政治原因等多種因素，一直無法達成協議。