光绪二十九年二月（1903年3月），章太炎到中国教育会赞助成立的上海爱国社任教。 章太炎看到后，公开批驳康有为，指出康有为所谓的“满汉不分，君民同治”，实际上是“屈心忍志以处奴隶之地”。 光绪帝只是“未辨菽麦”的“小丑”，他当初赞成变法，不过是“保吾权位”，如果一旦复辟，必然将中国引向灭亡。 章太炎赞美革命：“公理之未明，即以革命明之；旧俗之俱在，即以革命去之。
除了钱锺书这样明确反对刊行自家信札的特例，一般编全集的，征集或搜罗书札都是重头戏。 章太炎全集 可这里有个明显的误区，编者为了体例统一，颇有按日期编排信札的；这样一来，忽略了作为特定文体的“书”与日常生活的“信”的差异。 如此“文章”，应该在文集中露面，而不该与讲述日常琐事的信札混编。
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“分鎮”也是章太炎在外國侵略、清政腐朽的情況下提出的一種改良設想。 認為政治危急之際，“猶賴有數鎮稍自奮起，足以扶危而定傾”。 因此，不能削弱藩鎮，而“甘心於白種之陵籍”。 “板蕩之世，非得藩鎮以尊攘，則憲政不立”。 他舉明治維新為例，“若皇德貞觀，廓夷歸章，示民版法，陶冶天下，而歸之一憲，藩鎮將奔走趨令，如日本之薩、長二藩，始於建功，而終於納土，何惠自擅？ ”此後，進而指出：“瓜分而授之外人，孰與瓜分而授之方鎮。
自《齊物論釋》著成之後，章太炎因齊物思想的啓示，不再僅以唯識為唯一標準，轉而認為凡“外能利物，內以遣憂”之學皆有價值，開始對古今中外的學術思想進行重估。 除了這四大淵源外，顧炎武、王夫之的民族思想，章學誠、戴震、孫詒讓等人的思想也對章太炎具有相當的影響力。 3日，章太炎與海軍總長程璧光等在孫中山的住處秘密商議，籌劃反對張勳的復辟舉動。
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民国四年（1915年）章太炎被袁世凯软禁期间，被迫写“劝进书”，书云：“某忆元年四月八日之誓词，言犹在耳。 公今忽萌野心，妄僭天位，非惟民国之叛逆，亦且清室之罪人。 但冀公见我书，予以极刑，较当日死于清朝恶官僚之手，尤有荣耀！ 章太炎全集 ”据说，袁世凯气得冒烟，又自嘲说：“彼一疯子，我何必与之认真也！
章师就用明朝的音韵，背诵了十几句文天祥的正气歌，其发音与北京话完全不同，接着就说：“现在的国语，严格地说来，含有十分之几是满洲人的音韵，好多字音都不是汉人所有。 ”这番话说出，刘半农更呆住了好久，说不出一句话来应付。 章太炎又说：“如果汉人要用汉音，我也可以背诵一段汉代音韵的文字。 ”说完他就背了两首汉诗，许多字的音韵都与现代不同。 他又问：“你知不知道现在还有人用汉代音韵或唐代音韵来讲话的？ ”这时，刘半农已听得呆若木鸡，这一问他倒振作起来，便说：“现在哪里有人用汉音来说话？
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令共党之在晋北者，其意不过欲北据河套，与苏俄通声势耳。 章太炎全集 此辈虽多狙诈，然其对于日军，必不肯俯首驯伏明甚”。 尽管章太炎不可能对共产党有真正认识，但他对共产党的坚持抗日战争、国民党的“不抵抗主义”还是觉察的。 尽管章太炎晚年的行为也有使人失望之处，却坚持了爱国主义晚节。
既然编全集主要是为了方便专家学者的研究，那么，若同一著作有多种版本，编“汇校本”是个好主意。 毛泽东的著作有点特殊，不是谁想编校就能编校的。 记得钱锺书曾起诉刊行《〈围城〉汇校本》（四川文艺出版社，1992年）的出版社及编者。 古代作家编集子，大都是晚年自己或门生帮助定稿，然后刻印流通。 这就带来一个问题，很多人“悔其少作”，但又对那些泼出去的水无可奈何。
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章太炎先生嗜烟，给学生讲课时，一手拿粉笔，另一只手必拿烟卷，有时讲到精彩处，拿着烟卷便往黑板上板书，常引得学生哄堂大笑。 章太炎全集 当时北京各大学的主任教授如吴承仕等，侍奉在太炎先生的左右作陪，有专门板书的，有倒茶水的，太炎先生国语不太好，弟子刘半农便担任翻译，其情其景给后世留下了尊师重教的佳话。 章太炎早年在日本主编《民报》时，曾主张社会主义，与片山潜等日本社会主义者过从甚密，并由此反思西方的进化论及现代文明，撰写了《俱分进化论》《五无论》等著作。
- 不管出于何种考虑，编全集的主要目的，不是为了完善作者的“光辉形象”，而是为了满足专家型读者的研究兴趣。
- 不久，冯玉祥组织中国国民党同志俱乐部，章太炎也组织了辛亥革命同志俱乐部，背离孙中山。
- 湯國梨很快知道，這二人帶來消息，説是在日本已組織了一個流亡政府，大家想請章太炎出任總統，望他儘快東渡，主持反蔣大計。
不允许悔其少作，不允许掩盖瑕疵，不允许修正错误，甚至不允许保护个人隐私（这世界上或许真的有“事无不可对人言”者，但并不可爱），全都一股脑给“全集”了，这其实是很残酷的。 “上穷碧落下黄泉，动手动脚找东西”的编者，自认为是作者的功臣；殊不知，弄不好就成了作者的敌人。 本文连评论带建议，准备讨论“‘全集’为谁而编”、“编者的努力与权限”、“演说与报道”、“书札与题跋”、“翻译与编书”、“个人著作还是专题档案”等六个问题。
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此后，因护法军政府中派系斗争激烈，章“欲西行”，孙中山劝以“不当先去以失人望”，章太炎表示愿为军政府争取外援，到云南联络唐继尧。 当他抵达昆明后，多次向唐继尧进言，促唐继尧东下，但唐继尧始终是托故不出。 民国六年（1917年）3月，段祺瑞召集督军团在北京开会，商讨对德宣战。
- 孫、章聯電陸榮廷等南方各省督軍、省長，指出：“調停戰事之人，即主張復辟之人；擁護元首之人，即主張廢立之人。
- 民国十二年（1923年）1月，孙中山在上海发表《和平统一宣言》，章太炎以为“统一利害，久处南方者自知，若谓借此以缓最高问题，则亦非计”。
- 汗漫之策论，不可以为成文之法；杂博之记诵，不可以当说经之诂；单篇之文笔，不可以承儒、墨之流；匿采之华辞，不可以备瞽蒙之颂；淫哇之赋咏，不可以瞻国政之违。
- 章太炎是近代中国国学大师，也是学者型的资产阶级革命家；但学术与政治毕竟不同，政治方面，章太炎确有他的局限，这些局限在辛亥革命及民国初年表现得很明显。
- 如果是著名翻译家，若傅雷、朱光潜或周作人，编全集时，当然要收译作。
章太炎逝世後，因對日戰爭爆發，暫厝於蘇州錦帆路寓所水池中。 解放後，浙江省人民政府按其遺願，葬於杭州西湖南屏山南明遺臣張蒼水墓旁。 民國四年（1915年），袁世凱想做皇帝，生怕章太炎反對，先期誘至北京，幽於龍泉寺；章太炎憂憤之餘，夢做閻羅王。 章太炎全集 章太炎全集 當時有報宗仰和尚書雲：仰上人侍者：快接復曹，神氣為開，所問幻夢事狀，今試筆述，願上人評之。 去歲十二月初，夜夢有人持刺，請吃午餐，閲其主名，則王鏊也。